Variasi Genetika Onion yellow dwarf virus asal Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) dari Brebes dan Cirebon
View/ Open
Date
2017Author
Siregar, Ivan Arif Rachman Martua
Hidayat, Sri Hendrastuti
Metadata
Show full item recordAbstract
Bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) umumnya diperbanyak
secara vegetatif menggunakan umbi, sehingga status kesehatan benih yang bebas
dari infeksi virus merupakan aspek yang penting. Infeksi Onion yellow dwarf
virus (OYDV) dan Shallot yellow stripe virus (SYSV) telah diidentifikasi sebagai
penyebab penyakit pada tanaman bawang merah. Penelitian ini dilakukan untuk
mendeteksi dan mengidentifikasi variasi genetika OYDV dan SYSV asal bawang
merah di lapangan. Sampel daun diambil dari pertanaman bawang merah di
Kabupaten Brebes dan Cirebon. Infeksi OYDV dideteksi menggunakan teknik
enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), selanjutnya dipilih beberapa
sampel untuk digunakan sebagai bahan identifikasi virus dengan teknik
polymerase chain reaction (PCR). Produk amplifikasi PCR digunakan untuk
sikuensing dan sikuen yang diperoleh dianalisis dengan program basic local
alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian ini menunjukkan gejala tanaman
bawang merah yang terinfeksi virus yaitu bergaris kuning, daun pipih bergaris
kuning pucat di tengah, mosaik hijau muda, bercak kuning, dan mosaik kuning.
Infeksi OYDV di Brebes mencapai 16% dan di Cirebon mencapai 30%. Infeksi
SYSV di Brebes mencapai 98% dan di Cirebon mencapai 70%. Berdasarkan hasil
sikuensing DNA produk amplifikasi PCR terbukti bahwa semua sampel
berasosiasi dengan OYDV. Sikuen gen CP OYDV antara isolat Brebes dan
Cirebon menunjukkan kedekatan genetika yang tinggi dengan homologi
nukleotida dan asam amino berturut-turut mencapai 98% dan 96%. Sikuen gen CP
OYDV isolat Brebes dan Cirebon memiliki kedekatan genetika dengan isolat
Jepang berdasarkan homologi nukleotida dan asam amino yaitu berturut-turut
95% dan 90%.
Collections
- UT - Plant Protection [2412]