Profil Komunitas Mikrobial pada Rizosfer Kelapa Sawit Terinfeksi Ganoderma boninense Menggunakan Next Generation Sequencing

Abstract

Komunitas pada rizosfer menjadi perhatian utama untuk menemukan mikrob potensial sebagai agen pengendali hayati terhadap Ganoderma boninense pada kelapa sawit. Penelitian bertujuan (i) menguraikan komunitas mikrob rizosfer pada tanaman kelapa sawit terinfeksi G. boninense dan tanaman kelapa sawit sehat, (ii) menggali potensi mikrob sebagai agen pengendali hayati. Identifikasi mikrob pada lingkungan ini menggunakan gen 16S rRNA dan region ITS sebagai marker filogenetik dan teknologi Next Generation Sequencing. Sekuensing gen 16S rRNA menghasilkan 94,650 sekuen pada sampel sehat TH1 (Tanah Health 1), 89,137 sekuen pada TH2, 71,585 sekuen pada sampel terinfeksi TD1 (Tanah Disease 1) dan 99,595 sekuen pada TD2. Komunitas bakteri didominasi oleh Actinobacteria dengan kelimpahan relatif 37-44% dari total sekuen gen 16S rRNA setiap sampel. Kelimpahan Saccharopolyspora yang mencapai 12% pada sampel sehat TH1 dan Pilimelia sebesar 3.94% pada sampel TH2 berpotensi untuk dikembangkan menjadi agen pengendali hayati terhadap G. boninense. Komunitas fungi didominasi oleh Ascomycota dengan kelimpahan relatif 11-51% dari total sekuen region ITS setiap sampel. Kelimpahan Talaromyces yang mencapai 18.40% pada sampel sehat (TH2), Gongronella sebesar 3.02% pada TH1 dan Chaetomium sebesar 2.77% pada TH2 berpotensi untuk dikembangkan sebagai agen pengendali hayati G. boninense.