Analisis Keragaman Genetik Kakao Ekuador (Theobroma Cacao L.) Berbasis Marka Ssr

Abstract

Marka mikrosatelit atau simple sequence repeats (SSR) terbukti merupakan alat yang bagus untuk menentukan keragaman genetik kakao. Klon kakao yang dianalisis yaitu 20 genotip kakao hasil introduksi dari Ekuador dan dua klon pembanding (MCC 01 dan MCC 02). Hasil percobaan menunjukkan 13 primer SSR menghasilkan pita DNA hasil amplifikasi pada 22 klon kakao, 10 lokus SSR bersifat polimorfik dan tiga lainya bersifat monomorfik. Analisis keragaman menggunakan program numerical taxonomy and multivariate analysis system (NTSys) dengan metode pengelompokan sequential agglomerative hierarchycal nested cluster analysis (SAHN). Berdasarkan analisis, dua klon MCC 01 dan MCC 02 tidak memiliki jarak genetik yang tinggi dengan genotip lainnya. Kombinasi empat kakao Ekuador memiliki jarak genetik lebih tinggi dari yang lainnya (≥ 0.70). Kakao Ekuador 64 (E 64) memiliki klaster tersendiri dengan indeks kesamaan 41%, yang mengindikasikan jarak genetik paling tinggi dibandingkan individu lainnya. Kakao dengan jarak genetik tinggi baik digunakan sebagai tetua dalam persilangan.