Mekanisme Pelipatan Protein 1GB1 pada Temperatur Rendah Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul
View/ Open
Date
2016Author
Murni, Shinta Anggia
Sumaryada, Tony Ibnu
Wahyudi, Setyanto Tri
Metadata
Show full item recordAbstract
Protein 1GB1 (protein G domain B1) merupakan protein immunoglobulin
dari Streptomyces griseus. Penelitian ini menggunakan metode simulasi dinamika
molekul dan bertujuan untuk menentukan pengaruh penggunaan temperatur tinggi
pada proses pembentangan protein (unfolding) dan temperatur rendah pada
pelipatan (refolding) protein 1GB1. Simulasi unfolding dilakukan pada temperatur
500 K selama 16 ns. Koordinat akhir protein pada proses unfolding dijadikan
masukan pada proses refolding dengan temperatur 225 K selama 30 ns. Langkahlangkah
dalam simulasi ini meliputi proses preparasi, minimisasi, pemanasan dan
ekuilibrasi serta production run. Protein 1GB1 akan unfolding pada temperatur
500 K dalam waktu 12 ns dengan tingkat kesamaan urutan asam amino hanya 7 %
(hampir unfolding sempurna). Protein yang telah rusak ini kemudian kembali ke
struktur awal melalui proses refolding pada suhu 225 K selama 30 ns dengan
tingkat kesamaan urutan asam amino sebesar 72 % . Dari penelitian ini diperoleh
bahwa proses pelipatan protein mengikuti mekanisme zipper model di mana α-
helix terbentuk lengkap lebih dahulu dibandingkan struktur β-sheet.
Collections
- UT - Physics [1094]