View Item 
      •   IPB Repository
      • Dissertations and Theses
      • Master Theses
      • MT - Professional Master
      • View Item
      •   IPB Repository
      • Dissertations and Theses
      • Master Theses
      • MT - Professional Master
      • View Item
      JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

      Konformasi Enzim Lipase T1 Pada Pelarut Alkohol Dikaji Dengan Teknik Simulasi Dinamika Molekul Enzim

      Thumbnail
      View/Open
      Fulltext (19.70Mb)
      Date
      2016
      Author
      Putri, Ayu Melisa
      Sumaryada, Tony Ibnu
      Wahyudi, Setyanto Tri
      Metadata
      Show full item record
      Abstract
      Lipase T1 (Geobacilus zalihae) secara ekstensif dipelajari dalam produksi biodiesel. Secara umum enzim lipase dapat dimanfaatkan dalam pembuatan deterjen, surfaktan, pangan, produk farmasi, kosmetik, industri kertas, dan nutrisi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari kestabilan konformasi secara komputasi enzim Lipase T1 pada pelarut metanol dan etanol. Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan mengamati energi konformasi enzim lipase T1 pada pelarut yang digunakan. Simulasi dinamika molekul lipase T1 dilakukan menggunakan perangkat lunak Ambertools12 pada suhu 300 K. Parameter yang digunakan untuk membandingkan stabilitas enzim lipase T1 dalam berbagai pelarut adalah dengan melihat nilai RMSD (Root Mean Square Deviation), SASA (Solvent Accessible Surface Area), Rg (Radius of Gyration), RMSF (Root Mean Square Fluctuation), Energi Konformasi dan Struktur Sekunder. Simulasi dinamika molekul yang dilakukan pada ketiga pelarut menunjukkan bahwa lipase pada etanol dan metanol lebih kaku atau kurang fleksibel karena lebih banyak saltbridge yang terikat kuat di etanol dan metanol dibanding air. Lipase harus fleksibel pada saat aktif. Sehingga dapat disimpulkan keadaan yang terlalu kaku akan mengurangi fungsi lipase. Enzim lipase Geobacilus zalihae butuh fleksibilitas dalam berbagai pelarut. Untuk analisis struktur sekunder lipase T1 pada pelarut etanol dan metanol tidak terjadi banyak perubahan struktur beta-sheet dan alpa-helix yang signifikan atau tidak terjadi kerusakan struktur enzim lipase T1 pada pelarut yang digunakan. Pelarut organik tidak begitu mempengaruhi komposisi alpahelix dan beta-sheet nya. Diharapkan hasil penelitian ini dapat memberikan saran rancangan penelitian yang dapat diimplementasikan pada laboratorium basah (wet experiment).
      URI
      http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/82817
      Collections
      • MT - Professional Master [749]

      Copyright © 2020 Library of IPB University
      All rights reserved
      Contact Us | Send Feedback
      Indonesia DSpace Group 
      IPB University Scientific Repository
      UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
      Universitas Jember Digital Repository
        

       

      Browse

      All of IPB RepositoryCollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

      My Account

      Login

      Application

      google store

      Copyright © 2020 Library of IPB University
      All rights reserved
      Contact Us | Send Feedback
      Indonesia DSpace Group 
      IPB University Scientific Repository
      UIN Syarif Hidayatullah Institutional Repository
      Universitas Jember Digital Repository