Analisis Keragaman Ekson 2 Dan Ekson 3 Gen Myostatin Pada Sembilan Bangsa Kambing Lokal Di Indonesia

Abstract

Kambing lokal Indonesia merupakan ternak ruminansia kecil dengan jumlah bangsa paling tinggi di Asia Tenggara. Kambing merupakan hewan ternak yang paling populer setelah sapi dan ayam di Indonesia. Salah satu yang menjadi masalah dalam upaya produksi ternak kambing lokal Indonesia adalah kualitas bibit unggul yang masih rendah. Identifikasi bangsa kambing lokal Indonesia diperlukan dalam upaya menghasilkan bibit unggul melalui program seleksi. Salah satu gen yang mengatur pertumbuhan kambing adalah gen myostatin. Gen myostatin menyandikan protein myostatin yang mengontrol pertumbuhan dan diferensiasi otot kerangka. Myostatin yang tidak berfungsi akan mengakibatkan terjadinya hipertropi ataupun hiperplasia. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman ekson 2 dan ekson 3 gen myostatin serta menentukan hubungan kekerabatan serta hubungan genetik antara sembilan bangsa kambing Indonesia. Sampel DNA diekstraksi dari darah kambing yang terdiri dari 80 sampel kambing, yaitu kambing Samosir, kambing Muara, kambing Kacang, kambing Kosta, kambing Peranakan Etawah, kambing Burawa, kambing Gembrong, kambing Boer dan kambing Boerka. Metode Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism (PCR-SSCP) dan sekuensing DNA digunakan untuk mengidentifikasi keragaman daerah ekson 2 dan ekson 3 gen myostatin pada kambing lokal Indonesia. Hasil amplifikasi dengan PCR daerah ekson 2 dan ekson 3 gen myostatin pada kambing adalah 650 pb. Pensejajaran nukleotida gen myostatin ekson 2 pada sembilan bangsa kambing lokal Indonesia ditemukan mutasi tertentu. Terdapat 12 tipe gen berdasarkan pola migrasi untai tunggal. Berdasarkan hasil sekuensing ditemukan 12 haplotipe pada kambing. Dari hasil pensejajaran nukleotida gen myostatin ekson 3 pada sembilan bangsa kambing lokal Indonesia ditemukan 10 variasi gen myostatin. Variasi yang ditemukan pada ekson 3 mempengaruhi asam amino. Variasi yang ditemukan pada sembilan bangsa kambing menunjukkan bahwa keragaman genetik kambing beragam. Variasi dan tipe gen myostatin yang ditemukan dalam penelitian ini belum dapat dijadikan penanda bagi kambing lokal yang memiliki parameter pertumbuhan yang tinggi. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi dasar dalam melakukan seleksi berdasarkan sifat pertumbuhan kambing dalam populasi yang lebih besar dan beragam.