| dc.description.abstract | Anyelir (Dianthus caryophillus L) merupakan salah satu tanaman bunga
potong utama dunia karena bunganya cantik dan memiliki berbagai variasi warna
dan bentuk. Di Indonesia, produksi bunga potong anyelir masih jauh dari potensi
genetiknya, sehingga pendapatan petani dari usaha budidaya tanaman hias juga
lebih rendah dari yang seharusnya. Kondisi ini terjadi karena hampir semua
tanaman anyelir sudah terinfeksi virus, namun petani tidak mengetahui hal ini.
Ada lebih dari 15 virus yang dapat menginfeksi anyelir, akan tetapi Carnation
mottle virus (CarMV) dilaporkan merupakan virus utama pada tanaman anyelir.
Di beberapa sentra produksi anyelir di Jawa Barat ditemukan gejala tanaman
anyelir terinfeksi virus berupa belang-belang hijau tua dan muda (mottle). Gejala
ini mirip dengan yang dilaporkan di luar negeri. Penelitian mengenai penyakit
mottle/belang pada tanaman anyelir di Indonesia belum banyak dilakukan.
Berdasarkan hal tersebut maka penelitian ini secara umum bertujuan untuk
mengidentifikasi dan mendapatkan karakter virus penyebab penyakit belang pada
tanaman anyelir di Jawa Barat serta memperoleh metode eliminasi virus untuk
mendukung pengadaan benih anyelir secara berkelanjutan.
Deteksi secara serologi menggunakan metode ELISA menunjukkan bahwa
semua kultivar tanaman anyelir yang diuji (28 kultivar) terinfeksi oleh CarMV
(100%) dan tidak terinfeksi oleh Carnation latent virus (CLV), Carnation
ringspot virus (CRSV), dan Carnation vein mottle virus (CVMV). CarMV
menginfeksi secara tunggal pada sampel tanaman anyelir yang diuji. Reaksi
positif terhadap antiserum CarMV tidak hanya terjadi pada sampel tanaman yang
bergejala saja tetapi juga pada sampel yang tidak bergejala. Partikel virus dari sap
tanaman sakit berbentuk isometrik dengan diameter berukuran 30 nm teramati
melalui pengecatan negatif 2% uranil asetat menggunakan transmission electron
microscopy (TEM).
RT-PCR dengan primer spesifik protein selubung (coat protein/CP) CarMV
berhasil mengamplifikasi sembilan isolat gen CP CarMV dengan ukuran sekitar ±
1000 pb. Kesembilan CarMV asal Jawa Barat memiliki kesamaan runutan
nukleotida berkisar 94.3% sampai 98.1% dan asam amino yang tinggi berkisar
95.5% sampai 99.4% dengan isolat-isolat dari negara lain yang. CarMV isolatisolat
Jawa Barat memiliki kesamaan urutan nukleotida tertinggi dengan isolat
CarMV asal China (AF173879) dan Spanyol (AJ309509.1), dan kesamaan asam
amino tertinggi dengan isolat CarMV asal China dan Mexico (KC834739.1).
Diantara sembilan isolat CarMV asal Jawa Barat, isolat CWB (Ciwangun dengan
gejala berat) sudah didaftarkan di GenBank dengan nomor aksesi KP119181
dengan nama isolat Idn-WJ4.
Alignment runutan nukleotida gen CP sembilan isolat CarMV asal Jawa
Barat dengan sepuluh runutan nukleotida gen CP isolat dari negara lain
menunjukkan bahwa pada isolat-isolat dari Jawa Barat terjadi mutasi tititk pada
beberapa posisi nukleotida. Beberapa mutasi titik menyebabkan perubahan pada
asam amino yang disandi dan motif protein yang dihasilkan. Keragaman genetik
gen CP CarMV berkorelasi dengan variasi gejala pada tanaman anyelir terinfeksi.
Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa CarMV isolat-isolat Jawa Barat
terpisah dalam tiga kelompok besar bersama-sama dengan isolat-isolat lainnya
yang sudah terdaftar di Genbank.
Deteksi virus yang mudah dan cepat, diperlukan untuk memantau sumber
induk anyelir bebas virus. Metode simple direct tube (SDT) dan simple extraction
method (SEM) berhasil mendapatkan RNA total dari tanaman anyelir baik dari
sampel daun maupun batang. Metode ekstraksi RNA total dengan SDT dan SEM
yang digabungkan dengan One step RT-PCR menghasilkan intensitas DNA yang
sebanding dengan kit komersial. RNA total dari daun sebagai sumber templat one
step RT-PCR terbaik dibandingkan batang. Preparasi RNA total dengan metode
SDT dan SEM adalah metode cepat, mudah, dan murah dalam menyediakan
templat one step RT-PCR. Konsentrasi primer 0.4 μM dan MgCl2 2 mM
merupakan konsentrasi optimum untuk menghasilkan hasil amplifikasi terbaik.
Gen CP parsial CarMV berukuran 1020 pb berhasil dikloning ke dalam TA
vektor pTZ57R/T dan di subkloning ke vektor ekspresi pET28a, serta
diekspresikan dalam bakteri E. coli strain BL21(DE3). Ekspektasi gen CP
CarMV dalam vektor ekspresi menghasilkan protein fusi berukuran ± 40.2 kDa.
Hasil analisis SDS PAGE menunjukkan adanya pita protein fusi pada ukuran
±40.2 kDa sebagai ekspresi dari gen CP CarMV rekombinan walaupun dengan
tingkat ekspresi yang belum optimal. Untuk mendapat protein dalam jumlah
melimpah (over expression) perlu dilakukan optimasi terhadap beberapa faktor
yang dapat mempengaruhi ekspresi gen.
CarMV dapat dibebaskan dari jaringan tanaman anyelir terinfeksi
menggunakan antiviral 2-thiouracil dan amantadin. Kultur meristem terminal dari
planlet pada perlakuan 2 thiourasil menghasilkan planlet bebas virus sebesar 0
sampai 57%, sementara perlakuan amantadin menghasilkan 25.0 sampai 54.55%
planlet bebas virus. Diantara perlakuan yang diuji, perlakuan antiviral amantadin
dengan konsentrasi 5 – 30 ppm lebih optimal menghasilkan planlet anyelir bebas
CarMV dan tidak toksik terhadap tanaman. Perlakuan amantadin 5 sampai 20 ppm
mampu menghambat virus lebih tinggi dibandingkan perlakuan 2-thiouracil pada
konsentrasi yang sama. Amantadin 5 sampai 30 ppm menghasilkan tingkat
penghambatan virus sebesar 42.94 – 59.57%, sedangkan 2-thiouracil sebesar -8.18
- 63,03%. Berdasarkan hasil tersebut amantadin lebih efektif diaplikasikan untuk
mendapatkan tanaman anyelir bebas virus dibandingkan 2-thiouracil.
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa penyakit belang pada tanaman
anyelir di Jawa Barat disebabkan infeksi CarMV. Keberadaan CarMV dalam
jaringan tanaman anyelir dapat dideteksi secara cepat menggunakan teknik one
step RT-PCR menggunakan templat yang diekstraksi melalui metode SDT dan
SEM. Gen CP CarMV dapat dikloning ke dalam TA vektor dan disubkloning ke
dalam vektor ekspresi serta diekspresikan dalam bakteri ekspresi untuk
menghasilkan antigen yang bermanfaat dalam pembuatan antiserum. CarMV
dalam jaringan tanaman anyelir dapat dibebaskan melalui penggunaan senyawa
antiviral yang dikombinasikan dengan kultur meristem ujung, dan senyawa
antiviral amantadin lebih efektif dibandingkan 2-thiouracil. | id |
