Analisis gen mitokondria penyandi protein pada amphibia

Abstract

Aktivitas transkripsi gen sebagian besar terjadi pada utas H, terdiri dari 2 gen penyandi rRNA, 14 gen penyandi tRNA dan 12 gen penyandi protein yang memiliki laju mutasi yang berbeda-beda. Evolusi dan laju mutasi yang berbeda-beda dapat menyebabkan penyimpangan pengelompokan taksa. Penelitian ini bertujuan menganalisis runutan nukleotida gen penyandi protein yang ditranskripsi dari utas H pada genom mitokondria Amphibia. Data runutan nukleotida diunduh dari portal data NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Data diolah menggunakan piranti lunak Textpad dan dianalisis menggunakan MEGA 5. Hasil analisis menggunakan metode Neighbor-Joining dan Net Between Group Mean Distances dengan model Kimura 2-parameter dan Number of Differences menunjukkan bahwa hubungan kekerabatan Ordo Anura-Caudata lebih jauh dibanding Anura-Gymnophiona maupun Caudata-Gymnophiona. Nilai rasio transisi-transversi lebih dari 1 menunjukkan bahwa laju mutasi transisi lebih tinggi dari laju transversi. Kodon awal yang digunakan pada 12 gen penyandi protein mtDNA Amphibia terdiri dari ATA, ATC, ATG, ATT, GTG dan TTG. Kodon akhir yang digunakan antara lain AGA, AGG, TAA, TAG, TA- dan T--. ATG, GTG, TAA dan T-- merupakan kodon awal dan kodon akhir yang lebih dominan digunakan. Kata kunci: Amphibia, DNA, gen penyandi protein, mitokondria, mutasi

Activity of gene transcription occurs largely in the H-strand, consisting of two genes coding for rRNA, 14 tRNA-coding and 12 protein-coding that have the difference of mutation rates. Evolution and difference of mutation rates can lead to deviations of taxa’s grouping. This study aimed to analyze the nucleotide sequences of protein-coding genes transcribed from the genome mitochondrial Amphibians H-strand. Nucleotide sequences were downloaded from NCBI database. Data were processed using Textpad and analyzed using MEGA 5 software. Results of the analysis using Neighbor-Joining and Net Between Group Mean Distances method with Kimura 2-parameter and Number of Differences models indicated that relationship of Order Anura-Caudata was distantly separated Gymnophiona-Anura and Caudata-Gymnophiona. Number of transition-transversion ratio more than 1 (>1) revealed that transition rate are higher than transversion. Start codons used in 12 protein-coding genes consist of ATA, ATC, ATG, ATT, GTG and TTG. Stop codons are used among others AGA, AGG, TAA, TAG, TA-and T--. ATG, GTG, TAA and T-- are start codons and stop codons are used more dominant. Key words: Amphibia, DNA, protein-coding genes, mitochrondrial, mutation