Metode Non-invasif untuk Menentukan Pedigri Harimau Sumatera (Panthera tigris sumatrae) berdasarkan Penanda D-loop dan Mikrosatelit

Abstract

Harimau sumatera (Panthera tigris sumatrae) merupakan subspesies harimau asal Indonesia yang masih bertahan hidup, dan termasuk hewan langka yang terancam punah. Hasil analisis karakteristik genetiknya dapat digunakan untuk merancang program guna mencegah kepunahan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pedigri pada harimau sumatera berdasarkan karakteristik genetik dengan menggunakan penanda genetik D-loop bagian HVS-I dan mikrosatelit. DNA diekstraksi dari rambut harimau sumatera (terdiri atas satu keluarga), yang diambil dari Kebun Binatang Bandung. DNA total hasil ekstraksi dilanjutkan dengan proses amplifikasi dan sekuensing. Data hasil pembacaan sekuen D-loop dianalisis menggunakan software MEGA 4.0. Hasil sekuensing disejajarkan dengan harimau sumatera asal Aceh (kode sampel A1) sebagai pembanding, dan didapat 208 nukleotida dari ketiga sampel yang diteliti (M1, W2, dan Y4) yang berbeda dari sekuen acuan harimau A1. Lokus mikrosatelit FCA 96 hasil amplifikasi digunakan sebagai penanda untuk mengetahui hubungan silsilah keturunan antar individu, sehingga dapat dianalisis karakteristik pedigrinya. Pita yang dihasilkan pada ketiga individu sampel berupa pita sejajar dengan jumlah yang sama sehingga terbukti adanya hubungan keluarga di antara ketiga individu tersebut, dengan penurunan alel yang sama dari induk jantan maupun induk betina.