Deteksi kemampuan Artemia dan kutu air dalam uptake bakteri mengandung DNA asing menggunakan PCR

Abstract

Peningkatan daya tahan ikan terhadap infeksi penyakit dapat dilakukan melalui pemberian vaksin DNA. Pemberian vaksin umumnya menggunakan metode injeksi. Namun demikian, metode injeksi memiliki beberapa keterbatasan dan tidak efisien karena memerlukan cukup banyak waktu. Oleh karena itu, diperlukan suatu metode alternatif yang dapat diaplikasikan secara massal seperti melalui pakan alami. Artemia dan kutu air (Daphnia dan Moina) merupakan jenis pakan alami yang sering digunakan sebagai pakan benih ikan. Penelitian ini dilakukan untuk menentukan kemampuan Artemia dan kutu air dalam uptake bakteri yang mengandung DNA asing menggunakan PCR. Informasi yang diperoleh berguna dalam aplikasi vaksin DNA melalui pakan alami. Artemia dan kutu air diberi bakteri mengandung DNA asing berupa konstruksi gen pKrt-GFP sebagai model untuk vaksin DNA. Kepadatan bakteri dalam media kultur pakan alami adalah 1,2 x 108 cfu/ml. Setiap 30 menit selama 3 jam, sebanyak 100 ekor Artemia diambil untuk isolasi DNA, sedangkan untuk kutu air 30 ekor diambil setiap 2 jam sekali selama 10 jam. DNA genom Artemia dan kutu air diisolasi menggunakan kit Puregene Minneapolis, USA. Konsentrasi dan tingkat kemurnian DNA hasil isolasi dianalisis menggunakan DNA calculator (GenQuant) dan elektroforesis dengan gel agarosa. Kemampuan Artemia dan kutu air dalam uptake bakteri dianalisis menggunakan metode PCR dengan menghitung jumlah copy DNA asing. PCR dilakukan menggunakan primer GFPF (5’-GGTCGAGCTGGACGG-3’) dan GFP-R (5’-ACGAACTCCAGCAGG-3’). Sebagai kontrol internal loading DNA, PCR juga dilakukan menggunakan primer β-aktin. Produk PCR dielektroforesis dan divisualisasi menggunakan etidium bromida dan disinari ultraviolet. Ketebalan pita DNA diukur menggunakan software UN-SCAN-IT gel 6.0 untuk mengetahui jumlah copy DNA asing yang berhasil di-uptake oleh Artemia dan kutu air.