Analisis Keragaman Genetik Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq) secara RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Menggunakan Primer OPJ

Abstract

Random Amplified Polimorphic DNA (RAPD) can be one alternative to screen high productivity and Ganoderma sp resistence oil palm tree. In this research RAPD was used to study genetic diversity of 58 oil palm sample. DNA was isolated, amplified using using OPJ primer, and filogenetically analysis using Unweighted Pair Group Method Arithmatic Mean (UPGMA) method in NTSYS. Good quality DNA were obtained during isolation as determined by spectrophotometry and gel electrophoresis. The 1.592 amplicons of 115 locus were obtained using OPJ primer amplified PCR of which 68 % was polymorphic. Genetic similarity coefficient samples were 49% - 95%. Population genetic clustering (62%) indicade that the samples population were of two major group.

Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dapat menjadi salah satu alternatif untuk menyeleksi tanaman kelapa sawit berproduktivitas tinggi dan tahan terhadap Ganoderma sp. Pada penelitian ini RAPD digunakan untuk mempelajari keragaman genetik 58 pohon kelapa sawit. Tahapan penelitian dimulai dari isolasi DNA, amplifikasi menggunakan primer OPJ, dan analisis filogenetik menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method Arithmatic Mean) dengan software NTSYS. DNA hasil isolasi memiliki kualitas yang baik berdasarkan analisis spektofotometri dan elektroforesis gel. Amplifikasi DNA dengan 20 primer seri OPJ menghasilkan 1.592 pita DNA dari 115 lokus, sebesar 68% diantaranya merupakan pita polimorfik. Analisis kemiripan genetik menunjukkan nilai koefisien kemiripan genetik sebesar 49% - 95%. Hasil pengelompokkan populasi kelapa sawit pada nilai kemiripan genetikRandom Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dapat menjadi salah satu alternatif untuk menyeleksi tanaman kelapa sawit berproduktivitas tinggi dan tahan terhadap Ganoderma sp. Pada penelitian ini RAPD digunakan untuk mempelajari keragaman genetik 58 pohon kelapa sawit. Tahapan penelitian dimulai dari isolasi DNA, amplifikasi menggunakan primer OPJ, dan analisis filogenetik menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method Arithmatic Mean) dengan software NTSYS. DNA hasil isolasi memiliki kualitas yang baik berdasarkan analisis spektofotometri dan elektroforesis gel. Amplifikasi DNA dengan 20 primer seri OPJ menghasilkan 1.592 pita DNA dari 115 lokus, sebesar 68% diantaranya merupakan pita polimorfik. Analisis kemiripan genetik menunjukkan nilai koefisien kemiripan genetik sebesar 49% - 95%. Hasil pengelompokkan populasi kelapa sawit pada nilai kemiripan genetik