Desain Protein Scaffold Sintetik Berbasis ProteinMPNN untuk Deteksi Biomarker Kanker Serviks.

Abstract

Kanker serviks merupakan salah satu penyebab utama kematian akibat kanker pada perempuan, dan onkoprotein E7 dari Human papillomavirus risiko tinggi berpotensi menjadi biomarker untuk deteksi dininya. Penelitian ini bertujuan mendesain protein scaffold sintetik secara in silico yang mampu mengenali domain CR3 onkoprotein E7 sebagai kandidat elemen pengenal biosensor. Daerah hotspot pada E7 ditentukan melalui analisis konservasi residu menggunakan ConSurf dengan residu R19 sebagai anchor. Binder dirancang menggunakan RFdiffusion dan ProteinMPNN, kemudian divalidasi struktur kompleksnya menggunakan AlphaFold3, afinitasnya menggunakan PRODIGY, serta solubilitasnya melalui estimasi muatan permukaan dan titik isoelektrik. Binder hasil desain berupa rantai a-heliks sepanjang 35 residu yang membentuk kompleks stabil dengan E7, ditunjukkan oleh nilai ipTM 0,84 (monomer) dan 0,80 (dimer). Prediksi afinitas menghasilkan nilai konstanta disosiasi (Kd) sebesar 56 nM pada konformasi dimer, sedangkan estimasi solubilitas menunjukkan muatan permukaan -3,00 e dan titik isoelektrik 3,90 yang mengindikasikan kelarutan yang baik. Hasil ini menunjukkan bahwa binder rancangan berpotensi dikembangkan sebagai elemen pengenal untuk deteksi biomarker kanker serviks.