Eksplorasi Gen Selulolitik Berbasis Metagenomik pada Mikrobioma Usus Macaca fascicularis di Kampus IPB Dramaga

Abstract

Selulosa merupakan komponen utama dinding sel tumbuhan yang tidak dapat dicerna langsung oleh mamalia, sehingga degradasinya bergantung pada aktivitas enzim selulase yang dihasilkan oleh mikroorganisme usus. Monyet ekor panjang (Macaca fascicularis) dengan pola makan tinggi serat merupakan model yang relevan untuk mengkaji komunitas bakteri selulolitik tersebut. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman dan potensi fungsional bakteri selulolitik pada monyet liar di kawasan IPB menggunakan pendekatan metagenomik berbasis Oxford Nanopore PromethION 2 Solo, dengan analisis bioinformatika melalui UseGalaxy dan RStudio. Sekuensing menghasilkan 1.304.690 dan 2.077.275 bacaan dari dua sampel, serta rekonstruksi 66 metagenome-assembled genomes (MAG) dengan 12 MAG berkualitas medium hingga tinggi. Analisis gen fungsional menunjukkan keberadaan CAZymes terkait degradasi selulosa, dengan distribusi fungsi gen berdasarkan klasifikasi COG dan jalur KEGG. Evaluasi gen selulolitik mengidentifikasi MEPB8-b, MEPB8-c, MEPB8-d, MEPB8-e, dan MEPB8-f sebagai protein berpotensi selulolitik yang termasuk famili Glycoside Hydrolase 5 (GH5). Hasil ini menunjukkan potensi metabolik mikrobioma usus monyet liar dalam mendukung degradasi selulosa dan adaptasi terhadap diet serat.