Desain Scaffold Protein Berbasis Kecerdasan Buatan untuk Deteksi Biomarker Demam Berdarah Dengue (DBD)

Abstract

C-Reactive Protein (CRP) merupakan biomarker untuk demam berdarah dengue yang mampu memprediksi perkembangan fase demam berdarah melalui perubahan konsentrasinya di dalam darah. Penelitian ini bertujuan mendesain scaffold protein berbantuan kecerdasan buatan atau Artificial Intelligence (AI) untuk mendeteksi CRP yang merupakan biomarker DBD. Scaffold protein didesain menggunakan RFDiffusion, ProteinMPNN, dan AlphaFold3. Desain scaffold protein CRP yang didapatkan memiliki nilai konstanta disosiasi (Kd) sebesar 130 nM berdasarkan hasil prediksi PRODIGY, menunjukkan afinitas yang memadai untuk mendeteksi CRP pada konsentrasi relevan dalam darah pasien demam berdarah. Binder yang didesain memiliki nilai pI teoritis 6.97 sehingga memerlukan pendekatan ekspresi yang tepat untuk mendukung kelarutan dan stabilitasnya di dalam sel. Simulasi MD menunjukkan menunjukkan adanya interaksi CRP-binder, mendukung potensi binder sebagai kandidat biosensor untuk mendeteksi CRP.