EKSPLORASI METAGENOMIK MIKROBIOMA TANAH PADA UNIT REHABILITASI DAN REPRODUKSI IPB UNIVERSITY

Abstract

Unit Rehabilitasi dan Reproduksi (URR) IPB University merupakan fasilitas pendidikan, penelitian, dan pelayanan reproduksi hewan yang aktivitasnya berpotensi memengaruhi kondisi biologis tanah. Penelitian ini bertujuan menganalisis struktur komunitas mikrobioma tanah di URR menggunakan pendekatan metagenomik. Sampel tanah diambil dari sembilan titik, dilanjutkan dengan ekstraksi DNA dan uji kualitas, hanya satu sampel tanah yang memenuhi syarat minimum sekuensing. Sekuensing dilakukan menggunakan Oxford Nanopore Technologies PromethION 2 Solo. Analisis data dilakukan melalui platform UseGalaxy dan RStudio. Hasil sekuensing menunjukkan data yang memadai untuk analisis metagenomik. Komunitas bakteri didominasi oleh filum Proteobacteria dan Actinobacteria, dengan famili Streptomycetaceae dan Bradyrhizobiaceae sebagai kelompok dominan yang berperan dalam dekomposisi bahan organik, siklus nitrogen, serta peningkatan kesuburan tanah. Analisis fungsional menunjukkan dominasi gen yang berperan dalam metabolisme, transport membran, dan mekanisme pertahanan sel.