Analisis gen B11 pada Padi Mutan Hawara Bunar Sensitif Aluminium

Abstract

Toleransi Aluminium (Al) pada tanaman dapat dikendalikan oleh satu atau beberapa gen. Gen B11 telah berhasil diisolasi dari padi cv Hawara Bunar yang toleran Al, tetapi perannya terhadap cekaman Al belum sepenuhnya dipahami. Mutan Hawara Bunar sensitif Al telah dihasilkan, namun penyebab respon sensitif terhadap Al belum diketahui. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan menganalisis urutan nukleotida promotor dan gen B11 yang diisolasi dari padi mutan Hawara Bunar sensitif Al (M5) dan tipe liar Hawara Bunar (HB). Tahapan analisis promotor terdiri dari beberapa tahap, yaitu: seleksi Eschericia coli pembawa pENTR/D-TOPO rekombinan promotor gen B11, isolasi plasmid, verifikasi arah orientasi sisipan, dan perunutan nukleotida. Tahap analisis gen B11, terdiri dari: isolasi DNA padi M5, PCR gen B11, elusi hasil PCR, kloning gen B11 pada pGEM-T Easy, transformasi E. coli TOP10 dengan plasmid rekombinan, dan perunutan nukleotida. Analisis promotor menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan urutan nukleotida pada daerah upstream 1132 pb dari situs awal transkripsi gen B11 antara padi M5 dengan tipe liarnya. Urutan nukleotida gen B11 antara padi M5 dan tipe liarnya sepanjang 2024 pb hanya memiliki perbedaan nukleotida pada posisi ke-409 dan 1368 yang merupakan daerah intron. Oleh karena itu, perbedaan toleransi Al antara padi M5 dengan tipe liarnya tidak disebabkan oleh perbedaan urutan nukleotida baik pada promotor maupun gen B11.