Modifikasi Ekstraksi DNA dari Kit DNeasy® mericon® Food untuk Autentikasi Halal Gelatin

Abstract

Gelatin adalah bahan yang banyak digunakan di industri pangan, farmasi, dan kosmetik. Status kehalalan gelatin perlu diperhatikan karena dapat bersumber dari hewan babi. Salah satu metode autentikasi halal gelatin adalah real time-polymerase chain reaction (RT-PCR). Analisis RT-PCR memerlukan ekstrak DNA dengan syarat kemurnian A260/280 sebesar 1,8−2,0 dan konsentrasi 10–100 ng μL-1 agar dapat teramplifikasi. Namun, kemurnian dan konsentrasi ekstrak DNA menggunakan standar protokol kit DNeasy® mericon® Food belum memenuhi syarat analisis RT-PCR. Tujuan penelitian ini adalah memodifikasi ekstraksi DNA dari kit DNeasy® mericon® Food. Modifikasi ekstraksi DNA optimal diperoleh dengan kondisi sistem empat kali pooling, unit proteinase K 0,015 AU, waktu inkubasi 180 menit, dan volume larutan EB 30 μL. Kemurnian ekstrak DNA optimal yang dihasilkan pada A260/280 sebesar 1,8 dan konsentrasi 19,4 ng µL-1. Validasi RT-PCR menghasilkan kurva logaritmik dengan nilai Ct 25,5. Hal ini menunjukan ekstrak DNA dapat digunakan untuk autentikasi halal gelatin menggunakan RT-PCR.

Gelatin is an ingredient that is mostly used in the food, pharmaceutical and cosmetic industries. The halal status of gelatin needs to be considered because it can be sourced from animals such as pigs. One method of halal gelatin authentication is real time-polymerase chain reaction (RT-PCR). RT-PCR analysis requires a DNA extract with A260/280 purity requirements of 1,8–2,0 and a concentration of 10–100 ng μL-1 in order to be amplified. However, the purity and concentration of the DNA extract using the standard DNeasy® mericon® Food kit protocol did not meet the requirements for RT-PCR analysis. The aim of this research is to modify DNA extraction from the DNeasy® mericon® Food kit. The optimal DNA extraction modification was obtained with four pooling system conditions, proteinase K units of 0,015 AU, incubation time of 180 minutes, and EB solution volume of 30 μL.The optimal DNA extract purity produced in A260/280 was 1,8 and a concentration of 19,4 ng µL-1. RT-PCR validation produced a logarithmic curve with a Ct value of 25,5. This shows that DNA extract can be used to authenticate halal gelatin using RT-PCR.