Isolasi dan Karakterisasi Gen Plantaricin EF dan JK dari Lactobacillus plantarum S34

Abstract

Lactobacillus plantarum S34 menghasilkan bakteri osinse lama proses fermentasi asam laktat berlangsung. Bakteriosin yang dihasilkan oleh L.plantarum disebut plantaricin. Plantaricin disandikan oleh gen penyandinya masing-masing, seperti plantaricin EF disandikan oleh gen plantaricin EF danplantaricin JK disandikan oleh gen plantaricin JK. Tujuan penelitian ini adalah melakukan isolasi dan karakterisasi gen plantaricin EF dan JK dariL. plantarumS34. Gen plantaricin EF dan JK diamplifikasi dari DNA genomL. plantarum S34 dengan primer spesifik menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil analisis menggunakan BLAST menunjukkan gen plantaricinEF dan JK hasil isolasidariL. plantarum S34 masing-masing tersusun atas 285 bpdan 267 bpnukleotida. Produk PCR diurutkan untuk mengetahui urutan basanu kleotida gen plantaricin EF dan JK. Hasil analisis urutan nukleotida menunjukkan gen plantaricin EF dan JK memiliki Ribosome Binding Site (RBS), start codon, danstop codon (TAG pada gen plantaricin EF dan TAA pada gen plantaricin JK). Hasil analisis urutan nukleotida juga menunjukkan plantaricin yang disandikan oleh gen plantaricin EF dan JK secara berturut-turut tersusun atas 52 dan 56 asam amino, serta memiliki motif GG (double glycine) padaleader peptide (padaplantaricin EF terjadi mutase pada salah satu penyusun motif GG menjadi serin) dan motif Gxxx G pada mature peptide seperti halnya plantaricin lain yang termasuk kedalam bakteri osin kelas IIb. Jumlah motif GxxxG yang dimiliki oleh plantaricin EF sebanyak satu motif, yaitu GFIHG sedangkan jumlah motif GxxxG yang dimiliki oleh plantaricin JK sebanyak dua motif, yaitu GYAIG dan GYAFG.