Analisis Keragaman Geminivirus Berdasarkan Restriction Fragment Length Plymorphism
Abstract
Geminivirus merupakan salah satu kelompok patogen utama yang
menyerang tanaman budidaya dan menimbulkan kerusakan terutama di daerah
tropik dan · subtropik. Anggota geminivirus cukup ban.yak dan mereka
dikelompokkan berdasarkan struktur genom, tanaman inang, dan serangga
vektomya.
Penelitian ini bertujuan mempelajari keragaman . dan hubungan
kekerabatan beberapa isolat geminivirus yang menginfeksi tanaman tom.at, cabai,
tembakau, dan babadotan berdasarkan pola fragmen DNA hasil restriction
fragment length polymorphism (RFLP).
Isolat geminivirus yang digu.nakan untuk analisis keragaman geminivirus
adalah isolat tomat-Darmaga dan babadotan-Darmaga yang berasal dari tanaman
yang terinfeksi di lapangan, isolat cabai-Segunuug, dfill tembakau-Jember yang
berasal dari klon DNA. Isolat-isolat yang berasal dari lapangan tersebut
diekstraksi dengan menggunakan bufer Dellaporta. PCR dilakukan dengan
menggunakan sepasang primer universal PAV 1978 dan PAC 715. Metode RFLP
dilakukan dengan menggunakan empat macam enzim restriksi endonuklease,
yaitu BamHI, EcoRI, Hindi.II, dan Pstl. Untuk. mengamati keragaman yang lebih
tinggi disertakan rujukan isolat geminiviruS cabai•Segunung yang dikoleksi tahun
2001. Hasil tersebut digunakan untuk analisis hubungan kekerabatan dengan
program NTSYSpc.
Uji PCR dengan primer universal berhasil mengamplifikasi semua isolat
geminivirus yang diuji clan ukuran fragmen yang dihasilkan melalui PCR adalah
1,6-1,65 kb. Pola fragmen DNA hasil RFLP menunjukkan bahwa virus isolat
tomat-Darmaga, virus isolat cabai-Segunwig, dan virus isolat ternbakau-Jember
merupakan isolat yang berbeda, setfangkan hasil RFLP untuk isolat babadotanDarmaga
tidak dapat tervisualisasi dengan baik. Dua isolat geminivirus cabai yang
berasal dari Segunung merupakan dua isolat yang berbeda karena memiliki pola
sidikjari DNA yang berbeda.
Dendogram hasil analisis dengan NTSYSpc menunjukkan keragaman
geminivirus yang cukup tinggi di Indonesia. Hal tersebut ditunjukkan dengan
koefisien kesamaan yang berkisar 30%-86%.