Analisis keragaman genetik harimau Sumatera (Panthera tigris sumatrae Pocock, 1929) asal Aceh berdasarkan gen Cytochrome B

Abstract

Harimau Sumatera (Panthera tigris sumatrae Pocock, 1929) adalah salah satu dari subspesies yang diketahui berada di Indonesia. Di Sumatra diperkirakan populasinya sekitar 400-500 ekor, sementara di Aceh terdapat 110-140 ekor. IUCN (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources) mengkategorikan sebagai spesies yang kritis keberadaannya dan terancam punah. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis keragaman genetik harimau Sumatera asal Aceh dan mengetahui kekerabatannya. Bahan yang digunakan berupa darah awetan sebagai sumber materi DNA yang merupakan koleksi dari Laboratorium Biologi Molekuler, Departemen Biologi FMIPA IPB. Hasil isolasi dan purifikasi DNA kemudian diamplifikasi dengan PCR memakai primer spesifik forward UF-06 5’-AGCAGCAGTCCACCTCCTA- TTCCTT-3’ dan reverse UF-07 5’-GCTTTGGGTGCTGATGGTGGGGCTA-3’. Produk PCR disekuensing dan dianalisis pohon filogeninya. Basa-basa nukleotida yang berbeda antara harimau Sumatera asal Aceh (A1, A2, A3, A4) dan EF551003 (Panthera tigris amoyensis) adalah 16 basa nukleleotida. Hubungan kekerabatan antara keempat harimau Aceh adalah bahwa A2 lebih dekat dengan A3 dan keduanya lebih dekat dengan A4 daripada A1. Hasil Analisis setelah memasukkan outgroup harimau Amoy (Panthera tigris amoyensis), harimau Aceh tidak berubah dan tetap dalam satu cluster. Berdasarkan hasil analisis keragaman genetik di daerah Cyt. B pada harimau Aceh A1, A2, A3, dan A4 didapatkan dua buah situs basa nukleotida spesifik yang mencirikan harimau Sumatera, yaitu basa nukleotida ke 108 (Guanin) dan basa nukleotida ke 121 (Timin).