Validasi Marka Molekuler Mikrosatelit pada Matoa (Pometia pinnata)

Abstract

Indonesia adalah negara yang kaya akan keanekaragaman hayati dengan berbagai jenis spesies tumbuh-tumbuhan. Keanekaragaman tersebut terdiri dari tanaman buah yang salah satunya berasal dari buah Matoa (Pometia pinnata). Matoa merupakan tanaman dari famili Sapindaceae yang tersebar di wilayah tropis. Tanaman matoa banyak dimanfaatkan sebagai obat-obatan tradisional yang diketahui mengandung kelompok senyawa diantaranya flavonoid, tanin, dan saponin. Analisis keragaman genetik matoa menjadi informasi dasar untuk pelaksanaan kegiatan seleksi dan persilangan lanjutan dalam program pemuliaan matoa. Marka mikrosatelit merupakan salah satu metode analisis marka molekuler kodominan. Tujuan dari penelitian ini untuk melakukan seleksi primer untuk analisis kekerabatan 10 aksesi matoa Dramaga dengan 4 matoa Banjarmasin melalui pendekatan marka mikrosatelit. DNA diisolasi menggunakan CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). Sepuluh primer mikrosatelit yang digunakan adalah Pp.e.6402, Pp.e.66857, Pp.e.80271, Pp.e.89451, Pp.e.115726, Pp.e.161167, Pp.e.186462, Pp.e.187105, Pp.e.238124, Pp.e.287861. Amplifikasi mengacu pada protokol DreamTaq Green PCR Master Mix. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer yang digunakan mampu mengamplifikasi 20-30% aksesi yang digunakan, dan hanya 2 aksesi yang dapat diamplifikasi pada 9 pasang primer yang digunakan, yaitu aksesi IPBA8, IPBA9. Sembilan primer dapat digunakan untuk analisis molekuler, kecuali primer Pp.e.287861 yang tidak mampu mengamplifikasikan 14 aksesi yang digunakan.

Indonesia is a country rich in biodiversity with various types of plant species. One of the diversity of fruit plants comes from the Matoa fruit plant (Pometia pinnata). Matoa is a plant from the Sapindaceae family which is spread throughout the tropics. The matoa plant is widely used as a traditional medicine which is known to contain a group of compounds including flavonoids, tannins and saponins. Analysis of matoa genetic diversity is the basic information for implementing selection and crossbreeding activities in matoa breeding programs. Microsatellite markers are one of the codominant molecular marker analysis methods. This study aims to conduct primary selection for kinship analysis of 10 Dramaga matoa accessions with 4 Banjarmasin matoa using a microsatellite marker approach. DNA was isolated using the CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). The ten microsatellite primers used were Pp.e.6402, Pp.e.66857, Pp.e.80271, Pp.e.89451, Pp.e.115726, Pp.e.161167, Pp.e.186462, Pp.e.187105, Pp.e.238124, Pp.e.287861. SSR marker analysis using PCR DreamTaq Green Master Mix. The results showed that the primers used were able to amplify 20- 30% of the accessions used, and only 2 accessions could be amplified in the 9 pairs of primers used, namely IPBA8, IPBA9 accessions. Nine primers could be used for molecular analysis, except for the primer Pp.e.287861 which was unable to amplify the 14 accessions used.