Diferensiasi Genetik dan Distribusi Labi-labi Amyda cartilaginea pada Populasi di Kalimantan Utara
Date
2023Author
Suhendar, Hasna Haniyah
Farajallah, Achmad
Widayati, Kanthi Arum
Metadata
Show full item recordAbstract
Labi-labi is a freshwater turtle with a soft shell and is widespread in some
Asian countries. Indonesia has a species of labi-labi that is spread naturally, one of
which is Amyda cartilaginea. The research was conducted using mitochondrial d loop DNA as a genetic marker. The study aims to study the genetic variation and
the phylogeographic relationship of A. cartilaginea in the Kalimantan population.
Peripheral samples of carapace and liver labi-labi A. cartilaginea are collected in
the laboratory as a source of DNA molecules. DNA amplification is performed
using the primary pairs AF574 (forward) and AF575 (reverse). The sequencing
results had a length of 377 bp and all samples were confirmed as species A.
cartilaginea. The genetic variation of A. cartilaginea populations in Northern
Kalimantan contains 27 polymorphic sites that form six haplotipes with a haplotype
diversity of 0.8444 and a nucleotide variety of 0.02107. The resulting genetic
distance ranges from 0.000–0.061 with the phylogeographic tree A. cartilaginea
Northern Kalimantan forming a single cluster compared to the distance. Labi-labi merupakan kura-kura air tawar dengan cangkang yang lunak
dan tersebar luas di beberapa negara Asia. Indonesia memiliki spesies labi labi yang tersebar secara alami, salah satunya Amyda cartilaginea. Penelitian
dilakukan dengan memanfaatkan ruas d-loop DNA mitokondria sebagai
penanda genetik. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi genetik serta
hubungan filogeografi A. cartilaginea pada populasi Kalimantan. Sampel
perifer karapas dan hati labi-labi A. cartilaginea koleksi laboratorium sebagai
sumber molekul DNA. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan pasangan
primer AF574 (forward) dan AF575 (reverse). Hasil sekuensing memiliki
panjang 377 bp dan semua sampel terkonfirmasi sebagai spesies A.
cartilaginea. Variasi genetik A. cartilaginea populasi Kalimantan Utara
terdapat 27 situs polimorfik yang membentuk enam haplotipe dengan
keragaman haplotipe sebesar 0,8444 dan keragaman nukleotida sebesar
0,02107. Jarak genetik yang dihasilkan berkisar 0,000–0,061 dengan pohon
filogeografi A. cartilaginea Kalimantan Utara membentuk satu klaster yang
dibandingkan dengan jarak.
Collections
- UT - Biology [2070]