Keragaman Genetik Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) di Pulau Tinjil Berdasarkan Daerah D-loop DNA Mitokondria

Abstract

Macaca fascicularis di Pulau Tinjil dikembangbiakan sebagai hewan model pada penelitian biomedis dan bioteknologi. Perbedaan komposisi genetik dan asal populasi dari hewan model dapat mempengaruhi hasil penelitian. Oleh karena itu, analisis komposisi dan keragaman genetik dari M. fascicularis penting untuk pemilihan secara efisien individu yang akan digunakan, konservasi sumber genetik, dan monitoring keragaman genetik dalam fasilitas penangkaran. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetik berdasarkan daerah Dloop DNA mitokondria dan mengonfirmasi asal usul indukan. Sebanyak 15 sampel darah utuh M. fascicularis diekstraksi dengan QIAmp DNA Blood Mini Kit. Daerah D-loop mt-DNA diamplifikasi dengan primer LqqF (forward) dan Saru5 (reverse). Amplikon sebesar 1200 pb ditentukan runutan basanya dengan teknik sekuensing. Data hasil contig sekuen D-loop disejajarkan dengan program MAFFT UGENE. Keragaman genetik dianalisis dengan perangkat lunak DNAsp v6.11. Rekonstruksi pohon filogenetik dibentuk berdasarkan metode neighbour joining menggunakan MEGA X. Panjang sekuen daerah D-loop yang dianalisis yaitu 921-923 pb dengan 93 situs polimorfik dan empat situs indel. Empat belas haplotipe dihasilkan dari 15 individu. Keragaman nukleotida pada daerah D-loop parsial sebesar 0.029 dan keragaman genetik (h) sebesar 0.990. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukan indukan betina pada populasi Tinjil berasal dari dua lokasi, yakni Sumatera selatan dan Jawa.