Analisis Keragaman Genetik Mangga Kasturi (Mangifera casturi Kosterm.) asal Kalimantan Selatan dan Riau menggunakan Marka Mikrosatelit
Date
2023-05Author
Hayati, Alifah Nur
Matra, Deden Derajat
Poerwanto, Roedhy
Metadata
Show full item recordAbstract
Mangifera casturi Kosterm. merupakan salah satu buah endemik asal
Kalimantan Selatan. Tanaman mangga kasturi berasal dari keluarga Anacardiaceae,
genus Mangifera. Saat ini, mangga kasturi termasuk dalam kategori langka di alam.
Penyebaran mangga kasturi terdapat hampir di seluruh wilayah Indonesia, salah
satunya di provinsi Riau. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetik
Mangifera casturi Kosterm. asal Kalimantan Selatan dan Riau dengan
menggunakan marka simple sequence repeats. DNA dari 14 aksesi Mangifera
casturi di amplifikasi menggunakan 14 lokus marka SSR, data yang dihasilkan
digunakan untuk mengevaluasi keragaman genetiknya. Amplifikasi DNA
menggunakan metode Multiplex PCR dengan menggunakan primer yang dilabeli
dengan fluorescent dyes pada primer forwardnya yang akan dideteksi dengan
menggunakan capillary electrophoresis. Sebanyak 42 alel diperoleh dari 14 lokus
dengan rata-rata 3 alel per lokus. Nilai heterozigositas yang teramati (Ho) adalah
0,24, nilai tersebut lebih rendah dari nilai heterozigositas yang diharapkan (He)
dengan rataan 0,48. Indeks fiksasi (FIS) keempat belas lokus mikrosatelit berkisar
antara –0,876 dan 1. Hal ini mengindikasikan adanya proses inbreeding pada
populasi yang mengakibatkan peningkatan alel homozigot dan menurunkan
keragaman genetiknya. Rendahnya keragaman genetik berkaitan dengan adanya
hanyutan genetik yang menyebabkan efek bottleneck pada populasi. Nilai PIC rata rata 0,39, nilai PIC tertinggi dimiliki oleh primer MC58089 (0,65) yang
menunjukkan lokus tersebut sangat informatif untuk mengungkap keragaman
genetik. Analisis filogenetik dengan metode neighbor-joining pada aplikasi Phylip
versi 3.695 yang membentuk 4 kelompok. Mangga kasturi asal Riau berkerabat
dekat dengan mangga kasturi asal Kalimantan Selatan dari kultivar pelipisan dan
cuban. Mangifera casturi Kosterm. is one of the endemic fruits of South Kalimantan.
It belongs to the family Anacardiaceae, genus Mangifera. Currently, kasturi mango
is include in the rare category in nature. The distribution of kasturi mangoes is
found in almost all regions of Indonesia, one of which is in Riau province. This
study aimed to analyze the genetic diversity of Mangifera casturi from South
Kalimantan and Riau using SSR markers. Fourteen DNA of Mangifera casturi
accessions were amplified using 14 SSR markers loci, and the generated data were
used to evaluate their genetic diversity. DNA amplification using Multiplex PCR
method with a fluorescence-labeled dyes on the forward primer which will be
detected using capillary electrophoresis. A total of 42 alleles were obtain from the
14 loci with an average 3 alleles per locus. The observed heterozigocity value (Ho)
is 0.24, lower than the expected heterozygosity value (He) with an average 0.48.
The fixation index (FIS) of the fourteen microsatellite loci ranged from –0.876 and
1. This indicates an inbreeding process in the population resulting an increase of
homozygous alleles and reduced genetic diversity. The low genetic diversity related
to the genetic drift that causes a bottleneck effect on the population. The average of
PIC value is 0.39, with the highest found in primer MC58089 (0.65), indicating the
SSR marker loci is very informative for revealing the genetic diversity. The
phylogenetic analysis using neighbor-joining method on the Phylip program v.
3.695 formed 4 groups. Kasturi mangoes from Riau are closely related to kasturi
mangoes from South Kalimantan from the pelipisan and cuban cultivars.