Penambatan Molekuler Senyawa Aktif Cabai Jawa (Piper retrofractum) sebagai Inhibitor Asetil-KoA Karboksilase

Abstract

Peningkatan lipogenesis de novo secara kronis perlu dihambat karena dikaitkan dengan berbagai penyakit dan gangguan. Asetil-KoA karboksilase (ACC) merupakan enzim penentu laju dalam lintasan tersebut. Senyawa aktif dalam cabai jawa terbukti mampu menurunkan aktivitas enzim ACC. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi senyawa aktif cabai jawa yang dapat menghambat asetil-KoA karboksilase melalui studi penambatan molekuler serta menganalisis interaksi molekuler yang terbentuk. Senyawa aktif cabai jawa diseleksi melalui penapisan virtual menggunakan perangkat lunak YASARA Structure, prediksi kemiripan dengan obat, serta prediksi farmakokinetik dan toksisitas. Sejumlah empat senyawa aktif dalam cabai jawa lolos pada semua tahap penyaringan sehingga berpotensi menghambat ACC. Potensi terbaik ditunjukkan oleh ligan uji N-sinamoilpiperidin. N-sinamoilpiperidin memiliki nilai ΔG yang paling negatif (-7,930 kkal mol-1) dan nilai Kd yang paling kecil (1,538979 μM) di antara empat ligan yang lolos. Interaksi N-sinamoilpiperidin dengan reseptor juga paling serupa dengan ligan alami dengan 11 residu memiliki tipe interaksi sama dan 2 di antaranya merupakan residu penting.

Chronic increases in de novo lipogenesis should be inhibited because they have been associated with a wide variety of diseases and disorders. Acetyl-CoA carboxylase (ACC) is the rate-limiting enzyme in this pathway. The active compounds in javanese long pepper have been shown to reduce the activity of ACC. This research aims to identify the active compounds of javanese long pepper that can inhibit acetyl-CoA carboxylase through a molecular docking study and analyze the molecular interactions formed. The active compounds of javanese long pepper were selected through virtual screening using YASARA Structure software, prediction of drug-likeness, pharmacokinetics, and toxicity. Four active chemicals of javanese long pepper passed all levels of screening, showing that they have the potential to inhibit ACC. The best potency was shown by N-cinamoylpiperidine. N-cinnamoylpiperidine had the most negative ΔG value (-7,930 kcal mol-1) and the lowest Kd value (1,538979 M) among the four screened ligands. N-cinnamoylpiperidine interaction with the receptor was also most similar to the native ligand with 11 residues exhibiting the same type of interaction and two of them are important residues.