Analisis Protein Esensial pada Virus Chikungunya Strain Indonesia untuk Identifikasi Target Obat secara In Silico.

Abstract

Penyakit chikungunya merupakan penyakit menular yang disebabkan virus chikungunya (CHIKV) melalui nyamuk Aedes aegypti dan Aedes albopictus dengan perantara artropoda (arbovirus). Belum adanya obat yang dapat menginhibisi virus ini dengan spesifik. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mencari protein target pada virus chikungunya sebagai reseptor senyawa yang berpotensi untuk kandidat obat. Hasil investigasi protein CHIKV struktural maupun non struktural untuk penambatan obat hampir semua protein yaitu esensial. Reseptor yang terpilih yaitu Envelope 2 (E2) yang strukturnya dimodelkan menggunakan AlphaFold2, namun beberapa residu E2 yang berbeda antara strain Indonesia dan strain CHIKV yang struktur E2 nya telah dipublikasikan. Dilakukan penapisan virtual sebanyak 3768 Senyawa herbal Indonesia (sumber data herbal DB) yang berpotensi menghambat proses infeksi CHIKV pada manusia dengan reseptor E2. Sebanyak 20 senyawa terbaik berdasarkan nilai energi afinitas (ΔG) dievaluasi pada aspek bioavabilitasnya. Kandidat senyawa herbal yang diperkirakan tertambat dengan baik pada reseptor E2 CHIKV yaitu 23-hydroxy-mangiferonic acid dari tanaman manggis hutan (Garcinia cornea) dan manga (Mangifera indica) dengan nilai ΔG sebesar -9.0 kkal/mol.

Chikungunya disease is an infectious disease caused by the chikungunya virus (CHIKV) through Aedes aegypti and Aedes albopictus mosquitoes through arthropods (arboviruses). There is no drug that can inhibit this virus specifically. Therefore, this study aims to find the target protein in the chikungunya virus as a compound receptor that has the potential for drug candidates. The results of the investigation of structural and non-structural CHIKV proteins for drug binding almost all proteins are essential. The selected receptor is Envelope 2 (E2) whose structure is modeled using AlphaFold2, but several different E2 residues between the Indonesian strain and the CHIKV strain whose E2 structure have been published. Virtual screening was performed of 3768 Indonesian herbal compounds (DB herbal data source) which have the potential to inhibit the CHIKV infection process in humans with E2 receptors. The 20 best compounds based on the energy affinity value (ΔG) were evaluated in terms of their bioavailability. Candidate herbal compounds that are thought to bind well to the CHIKV E2 receptor are 23-hydroxy-mangiferonic acid from forest mangosteen (Garcinia cornea) and manganese (Mangifera indica) with an G value of -9.0 kcal/mol.