Penambatan Molekuler Senyawa Flavonoid terhadap Inhibisi Glukosiltransferase Streptococcus mutans sebagai Antibiofilm
Date
2021Author
Putri, Fadhilah Eka
Kurniatin, Popi Asri
Purwanto, Ukhradiya Magharaniq Safira
Metadata
Show full item recordAbstract
Penyebab terjadinya karies gigi yaitu plak yang berada pada permukaan
gigi dalam bentuk biofilm. Bakteri Streptococcus mutans berperan dalam
pembentukan biofilm dan menghasilkan enzim glukosiltransferase yang dapat
mengkatalisis pembentukan ekstra polisakarida. Beberapa senyawa flavonoid
diketahui dapat menghambat sintesis biofilm. Oleh karena itu, senyawa flavonoid
berpotensi untuk dikembangkan sebagai antibiofilm untuk pencegahan karies gigi.
Penelitian ini bertujuan menentukan senyawa flavonoid dari penapisan virtual
terhadap inhibisi glukosiltransferase pada S. mutans sebagai antibiofilm melalui
penambatan molekuler dengan mempertimbangkan nilai energi bebas ikat, jenis
pengikatan dan residu katalitik. Metode yang digunakan adalah preparasi ligan
dan reseptor, penapisan virtual dan penambatan molekuler. Hasil penapisan virtual
dari 87 senyawa flavonoid, diperoleh 36 senyawa yang dapat menginhibisi
glukosiltansferase. Hasil penambatan molekuler menunjukkan 9 ligan yang dapat
menghambat glukosiltransferase dengan nilai energi bebas ikat lebih negatif dari
ligan alami (maltosa). Likuiritigenin memiliki ΔG paling negatif yaitu -7,0
kkal/mol dan nilai Ki 7,39 µM. 9 ligan memiliki jenis pengikatan terbaik pada
enzim glukosiltransferase. Senyawa yang berikatan pada 3 residu katalitik enzim
glukosiltransferase yaitu taksifolin, gallokatekin, sakuranetin sedangkan 6
senyawa lain berikatan pada 2 residu katalitik. The cause of dental caries is plaque that is on the dental surface in the
form of a biofilm. Streptococcus mutans bacteria play role in the formation of
biofilms and produce glucosyltransferase enzyme that can catalyze the formation
of extra polysaccharides. Several flavonoid compounds are known to inhibit
biofilm synthesis. Therfore, flavonoid compounds have the potential to be
developed as antibiofims for the prevention of dental caries. This research aims to
determine polyphenolic compounds from virtual screening against
glucosyltransferase inhibition in S. mutans as an antibiofilm through molecular
docking by considering the value of binding free energy, type of binding and
catalytic residue. The methods used are ligand and receptor preparation, virtual
screening and molecular docking. The results of virtual screening of 87
polyphenolic compounds, obtained 36 compounds that could inhibit
glucosyltransferase. Molecular docking results showed 9 ligans that could inhibit
glucosyltransferase with binding free energy value more negative than the native
ligand (maltose). Liquiritigenin has the most negative ΔG which is -7,0 kkal/mol
and Ki value of 7,39 µM. Compounds that bind to 3 catalytic residues of
glucosyltransferase enzyme are taxifolin, gallocatechin, sakuranetin while 6 other
compounds bind to 2 catalytic residues.
Collections
- UT - Biochemistry [1138]