Karakterisasi Genetik Berdasarkan DNA Mitokondria D-loop dan Gen TSPY pada Siamang Kerdil (Hylobates klossii) Kepulauan Mentawai.

Abstract

Siamang kerdil (Hylobates klossii) merupakan satwa primata endemik kepulauan Mentawai dengan nama lokal bilou. Hylobates klossii tersebar di pulau-pulau besar di Mentawai seperti Siberut, Sipora, Pagai Utara, dan Pagai Selatan. Populasi siamang kerdil terancamkarena deforestasi dan perburuan. Siamang kerdil masuk dalam kategori genting (Endangered) berdasarkan IUCN (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources) tahun 2008. Hylobates klossii terdaftar di CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora) Apendiks I/Tahun 2001 dan dilindungi berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor P.106Menlhk/Setjen/Kum.1/6/2018. Salah satu cara untuk menanggulangi kerusakan habitat dan penurunan populasi dapat dilakukan melalui usaha konservasi. Tujuan dari penelitian yaitu menganalisis garis keturunan secara maternal berdasarkan DNA Mitokondria D-loop (D-loop mtDNA) dan garis keturunan secara paternal berdasarkan gen TSPY (testis specific protein in Y-chromosome) serta mengkarakterisasi struktur gen penyandi protein TSPY pada siamang kerdil (Hylobates klossii) Kepulauan Mentawai. Sampel dikoleksi dari dua tempat, yaitu penangkaran TSI (Taman Safari Indonesia) dan Pulau Siberut, Kepulauan Mentawai. Sampel yang digunakan adalah sampel darah dan feses dari lima individu, yaitu Nam-nam, April, Lestari, Gou-gou yang diperoleh dari TSI dan sampel feses dari satu individu, yaitu Bilou diperoleh dari Kepulauan Mentawai. Amplifikasi PCR dilakukan pada sampel DNA dan cDNA menggunakan primer spesifik untuk D-loop dan TSPY. Amplikon dirunutkan menggunakan primer dua arah dan dianalisis dengan metode bioinformatik berupa BioEdit, Clustal W, dan MEGA 7. Model struktur tiga dimensi protein TSPY diprediksi menggunakan I-TASSER dan divisualisasikan dengan program PyMol. Berdasarkan analisis DNA Mitokondria D-loop, H. klossii terdiri atas empat haplotipe, yaitu 1) Nam-nam dan April, 2) Bilou, 3) Lestari, dan 4) Gou-gou dengan rentang jarak genetik 0.00-0.047. Analisis berdasarkan gen TSPY dari dua jantan H. klossii menunjukkan bahwa April memiliki nilai jarak genetik yang lebih dekat dengan H. muelleri, yaitu 0.005 dibandingkan dengan H. klossii, yaitu 0.008. Analisis pohon filogeni menggunakan metode neighbor joining juga menunjukkan individu April mengelompok dengan H. muelleri (identitas 99.56%) sementara Gou-gou dengan H. klossii (identitas 100%). Karakterisasi gen parsial TSPY (990 bp) antara Gou-gou dan April menunjukkan bahwa ada lima mutasi nukleotida yang menyebabkan empat mutasi asam amino, yaitu Pro100Ala, Asn133Asp, Gly277Glu, dan Thre281Ser. Mutasi ini menyebabkan pergeseran posisi struktur asam amino berdasarkan model struktur protein TSPY antara individu Gou-gou dan April. Hasil analisis mengasumsikan individu April adalah perkawinan silang antara betina H. klossii dan jantan H. muelleri. Karakterisasi genetik diharapkan dapat mendukung upaya konservasi melalui rekomendasi untuk pengelolaan pelestarian H. klossii yang baik. Hal ini dapat dilakukan dengan mencegah perkawinan sedarah dan kawinnya indvidu hibrida dengan spesies lain di penangkaran.