Validasi Spesies Undur-Undur Laut Menggunakan Marka Gen 16S rRNA di Perairan Bantul dan Purworejo

Abstract

Undur-undur laut hidup di daerah intertidal pantai berpasir. Pengidentifikasian spesies biota laut sering terjadi kesalahan yang diakibatkan fenomena cryptic spesies, sehingga perlu dilakukan dengan pendekatan molekuler berupa teknik DNA barcoding. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi taksonomi dan hubungan kekerabatan undur-undur laut berdasarkan marka gen 16S rRNA di perairan Bantul dan Purworejo. Isolasi dan ekstraksi DNA menggunakan Kit komersil Gene Aid menghasilkan tiga DNA dari setiap lokasi penelitian. DNA total yang berkualitas baik diamplifikasi menggunakan teknik PCR dengan primer 16S rRNA, sebelum analisis sekuensing. Hasil sekuensing gen 16S rRNA undurundur laut disejajarkan dengan beberapa sekuen spesies lain yang terdapat di GeneBank, yaitu genus Emerita, genus Scylla, dan genus Portunus. Sekuensing dianalisis mengunakan BLASTn. Sekuen dianalisis menggunakan software MEGA 5.0 untuk mendapatkan nilai jarak genetik dan pohon filogenik. Contoh undurundur laut dari Bantul dan Purworejo tidak berbeda nyata, contoh berasal dari sumber genetik yang sama.