Konektivitas Genetik Manta alfredi (Krefft, 1868) Antara Populasi Raja Ampat, Pulau Komodo dan Nusa Penida Berdasarkan DNA Mitokondria.

Abstract

Secara taksonomi manta karang Manta alfredi masuk dalam Famili Mobulidae. The International Union for Conservation of Nature (IUCN) memasukkannya dalam kategori Vulnerable. Di Indonesia pari manta telah dilindungi penuh melalui Kepmen-KP/2014 No 04. Struktur populasi dan konektivitas genetik menjadi kunci konservasi. Struktur populasi dan konektivitas M.alfredi dapat diketahui melalui pendekatan genetik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik dan struktur populasi M.alfredi serta melihat konektivtas antar populasi M.alfredi. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April hingga Desember 2016, dimulai dengan mengkoleksi sampel di tiga populai berbeda yaitu Raja Ampat, Pulau Komodo dan Nusa Penida. Analisa molekuler dilakukan di Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor. Analisis molekuler dilakukan dengan beberapa tahapan meliputi ekstraksi jaringan sampel, Polymerase Chain Reaction (PCR), Elektroforesis dan Sekuensing DNA untuk mendapatkan basa nukleotida. Hasil analisis molekuler menunjukan bahwa keragaman haplotipe dan keragaman nukleotida terendah terdapat pada populasi Raja Ampat dan Nusa Penida sebesar (h) 0.4312 dan (π) 0.0007. Sedangkan keragaman haplotipe dan keragaman nukleotida tertinggi terdapat pada populasi Pulau Komodo dengan nilai (h) 0.5185 dan (π) 0.0008. Strukur populasi M.alfredi diukur dengan mengunakan Fixation Index (Fst) melalui uji AMOVA. Nilai Fst menggambarkan struktur antar populasi dimana nilai Fst pada ketiga populasi sebesar 0.036 (p-value=0.170) yang mengindikasikan perbedaan genetik yang non-signifikan antar ketiga populasi. Hasil analisis filogenetik menggambarkan 2 kelompok (cluster) dari 72 individu M.alfredi yang terdapat pada 3 populasi di Indonesia. Artinya hasil analisis filogenetik secara keseluruhan memperlihatkan bahwa terjadinya pencampuran antar individu M.alfredi dari ketiga populasi tersebut. Konektivitas M.alfredi pada seluruh populasi pengamatan mengindikasikan adanya aliran genetik pada ketiga populasi. Data dari penelitian ini mendukung konsep yang berkembang bahwa M. alfredi mampu melakukan migrasi jarak jauh yang cepat. Migrasi oleh M. alfredi dapat menyebabkan perkawinan acak antara populasi yang menghasilkan aliran gen yang signifikan dan dapat mengurangi keragaman genetik. Hal ini ditunjukkan oleh nilai Fst rendah yang mengindikasikan aliran gen yang terjadi pada skala global di antara populasi M. alfredi dari berbagai wilayah geografis, hal ini menunjukkan panmixia.