| dc.description.abstract | Indonesia memiliki Sumber Daya Genetik Ternak (SDGT) yang melimpah,
dimana terdapat empat bangsa sapi yaitu: sapi Bali (Bos javanicus), Zebu (Bos
indicus), Taurine (Bos taurus), dan sapi silangan. Bangsa sapi tersebut
dibudidayakan sebagai penghasil daging, susu, kulit, dan sebagai ternak kerja. Sapi
Bali adalah sapi asli Indonesia yang telah didomestikasi dari banteng liar (Bibos
banteng) di Jawa dan Bali selama ratusan tahun. Zebu diperkenalkan oleh orang
India pada awal abad pertama. Beberapa sapi Bos taurus diimpor pada awal abad
ke-18 untuk digunakan sebagai sapi perah.
Indonesia telah menetapkan 9 bangsa sapi pedaging antara lain: sapi Bali,
Madura, Aceh, Sumbawa, Pesisir, Peranakan Ongole (PO), Jabres, dan Sumba
Ongole (SO), dan Brahman. Kekayaan SDGT ini perlu dilestarikan, dikembangkan
dan dimanfaatkan secara berkelanjutan demi meningkatkan pendapatan dan
kesejahteraan peternak serta memperkuat ketahanan pangan nasional. Kebijakan
pengelolaan SDGT yang berkelanjutan merujuk kepada tiga pendekatan, yaitu:
Pemurnian dan konservasi ternak, persilangan ternak dan pengembangan bangsa
baru.
Sapi pedaging Indonesia berpotensi untuk dikembangkan menjadi sapi
pedaging unggul melalui proses seleksi dan persilangan. Dewasa ini telah
berkembang seleksi berdasarkan marka genetik atau disebut marker assisted
selection (MAS) yang hasilnya lebih akurat, efektif dan efisien. Proses seleksi dapat
dilakukan pada kandidat gen-gen yang berasosiasi dengan sifat pertumbuhan dan
kualitas daging. Beberapa gen yang potensial untuk diseleksi antara lain: gen
myostatin (MSTN), gen adiponectin (ADIPOQ), gen fat mass and obesity
associated (FTO), dan gen endothelial differentiation sphingolipid G-proteincoupled
receptor 1 (EDG1) yang telah banyak dilaporkan pada bangsa sapi Bos
taurus maupun Bos indicus.
Tujuan penelitian ini adalah: 1) Mengidentifikasi keragaman SNP gen MSTN,
ADIPOQ, FTO dan EDG1 pada sapi pedaging Indonesia. 2) Memvalidasi
keragaman SNP baru yang ditemukan pada sapi pedaging Indonesia. 3)
Mengasosiasikan keragaman SNP baru yang polimorfik dengan peubah
pertumbuhan dan kualitas daging pada sapi pedaging Indonesia.
Penelitian ini terdiri dari dua tahap. Tahap pertama yaitu mengidentifikasi
keragaman gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 pada bangsa sapi pedaging
Indonesia. Penelitian tahap pertama dilakukan dengan metode polymerase chain
reaction-resticted fragment length polymorphism (PCR-RFLP) dan direct
sequencing. Tahap kedua yaitu memvalidasi dan mengasosiasikan gen-gen yang
polimorfik dengan sifat pertumbuhan dan kualitas daging pada sapi Bali. Data sifat
pertumbuhan diperoleh dari hasil recording dan pengukuran langsung. Data
kualitas daging diperoleh dengan metode estimasi menggunakan alat
ultrasonografi.
Hasil penelitian tahap pertama menunjukkan bahwa keragaman SNP g.-
371T>A gen MSTN di bagian promotor bersifat polimorfik pada sapi Katingan,
sapi Sumba Ongole (SO) dan sapi Simmental dengan ditemukan tiga genotipe (TT,
TA, AA) dan dua alel T dan A. Sedangkan pada sapi Pasundan, sapi Madura, sapi
Pesisir, sapi Peranakan Ongole (PO), sapi Brahman, sapi Limousin dan sapi Bali
bersifat monomorfik hanya bergenotipe TT dan alel T. Keragaman SNP indel g.81
966 364D>I gen ADIPOQ di bagian promotor bersifat monomorfik pada semua
bangsa sapi pedaging Indonesia, hanya ditemukan satu genotipe DD dan satu alel
D. Keragaman SNP g.125 550A>T di ekson 3 gen FTO bersifat polimorfik pada
sapi Madura, Pesisir, Katingan, PO, Pasundan, SO, Brahman, Simmental dan
Limousin dengan ditemukan tiga genotipe (AA, AT, TT) dan dua alel (A dan T).
Sedangkan pada sapi Bali bersifat monomorfik bergenotipe AA dan alel A.
Keragaman SNP c.-312A>G gen EDG1 di bagian 5’UTR bersifat polimorfik pada
sapi Madura, sapi Pasundan, sapi Pesisir, sapi Limousin, sapi Brahman dengan
ditemukan dua genotipe (AA dan AG) dan dua alel A dan G. Sementara pada sapi
Simmental, sapi PO, sapi Katingan, sapi SO dan sapi Bali bersifat monomorfik
bergenotipe AA dan alel A. Hasil direct sequencing sapi Bali ditemukan 3 kandidat
SNP baru (novel SNP) yaitu: c.-399C>T, c.-326C>G dan c.-273C>G gen EDG1 di
bagian 5’UTR. Ketiga SNP tersebut diidentifikasi keragamannya dan dilanjutkan
ke tahap asosiasi dengan sifat pertumbuhan dan kualitas daging jika bersifat
polimorfik.
Hasil penelitian tahap kedua menunjukkan bahwa keragaman SNP c.-
399C>T gen EDG1 di bagian 5’UTR bersifat polimorfik pada sapi Bali dengan
ditemukan dua genotipe CC dan CT dan dua alel C dan T. Sedangkan pada sapi PO,
sapi Brahman dan sapi Limousin bersifat monomorfik bergenotipe TT dan beralel
T. keragaman SNP c.-326C>G gen EDG1 di bagian 5’UTR bersifat polimorfik pada
sapi Bali dengan ditemukan dua genotipe CC dan CG dan dua alel C dan G.
Sedangkan pada sapi PO, sapi Brahman dan sapi Limousin bersifat monomorfik
bergenotipe CC dan beralel C. keragaman SNP c.-273C>G gen EDG1 di bagian
5’UTR bersifat polimorfik pada sapi Bali dengan ditemukan tiga genotipe (CC, CG
dan GG), dua alel C dan G. Sedangkan pada sapi PO, sapi Brahman dan sapi
Limousin bersifat monomorfik bergenotipe GG dan beralel G. Hasil analisis
asosiasi SNP c.-399C>T dan c.-326C>G tidak berasosiasi dengan sifat
pertumbuhan dan kualitas daging sapi Bali. Sedangkan SNP c.-273C>G memiliki
asosiasi yang signifikan (P<0.05) dengan tebal lemak punggung dan
persentase lemak intramuskular sapi Bali. Sapi yang bergenotipe GG
memiliki tebal lemak punggung dan persentase lemak intramuskuler yang
lebih tinggi dibanding yang bergenotipe CC dan CG.
Kesimpulan penelitian ini yaitu SNP g.-371T>A gen MSTN di bagian
promotor bersifat polimorfik pada sapi Katingan, sapi SO dan sapi Simmental. SNP
indel g.81 966 364D>I Gen ADIPOQ di bagian promotor bersifat monomorfik pada
sapi potong Indonesia. SNP c.-312A>G gen EDG1 di bagian 5’UTR bersifat
polimorfik pada sapi Madura, sapi Pasundan, sapi Pesisir, sapi Limousin, sapi
Brahman. SNP g.125 550A>T di ekson 3 gen FTO bersifat polimorfik pada sapi
Sapi Madura, Pesisir, Katingan, PO, Pasundan, SO, Brahman, Simmental dan
Limousin. Pada sapi Bali ditemukan 3 kandidat SNP baru di posisi c.-399C>T, c.-
326C>G dan c.-273C>G gen EDG1 di bagian 5’UTR yang bersifat polimorfik.
SNP c.-273C>G berpengaruh signifikan terhadap tebal lemak punggung dan
persentase lemak intramuskular sapi Bali. Sapi Bali yang bergenotipe GG memiliki
tebal lemak punggung dan persentase lemak intramuskular yang lebih tinggi
dibanding yang bergenotipe CC dan CG. SNP c.-273C>G gen EDG1 bagian 5’UTR
berpotensi sebagai kandidat penciri genetik sifat tebal lemak punggung dan
persentase lemak intramuskular pada sapi Bali. | id |
