Referensi Awal DNA Barcode pada Famili Anacardiaceae

Abstract

Anacardiaceae merupakan salah satu famili penting di Indonesia yang keberadaan sumberdaya genetiknya mulai terancam akibat dari kerusakan alam, namun identifikasi jenis secara molekuler pada famili tersebut belum menyeluruh. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan penanda genetik yang sesuai dan efektif dalam mengidentifikasi famili Anacardiaceae dengan metode DNA barcoding. Penanda genetik yang digunakan adalah penanda tunggal yaitu matK dan rbcL, serta penanda kombinasi matK+rbcL. Penelitian ini menggunakan data EFForTS sebanyak 28 sampel dengan penanda matK dan 31 sampel menggunakan penanda rbcL. Selain itu juga ditambahkan data dari Genbank sebanyak 24 sampel dengan penanda matK dan 19 sampel dengan penanda rbcL. Akurasi identifikasi pada tingkat spesies tertinggi dengan penanda matK yaitu sebesar 28.57%, sedangkan rbcL sebesar 22.58%, dan matK+rbcL sebesar 19.23%. Dalam penelitian ini, penanda matK, rbcL, dan matK+rbcL tidak dapat membentuk barcoding gap yang jelas, namun hasil t-test menunjukkan bahwa intraspesifik dan interspesifik dengan kedua penanda tersebut berbeda secara signifikan. Penanda matK dan rbcL berhasil membentuk grup-grup monofiletik dalam pohon filogeni untuk masing-masing spesies.