Identifikasi Secara Molekuler dan Teknik Eliminasi dengan Elektroterapi Bakteri Patogen dari Benih Padi.

Abstract

Bakteri merupakan salah satu kelompok patogen tanaman penting pada padi. Bakteri patogen tanaman padi yang juga dapat terbawa benih antara lain adalah Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Burkholderia glumae, Acidovorax avenae subsp. avenae, X. oryzae pv. oryzicola, Pseudomonas fuscovaginae, dan P. syringae pv. syringae. Beberapa dari bakteri tersebut belum dilaporkan ada di Indonesia. Identifikasi bakteri secara akurat menjadi dasar yang penting untuk pengambilan keputusan pengendalian yang tepat. Namun, identifikasi secara konvensional berdasarkan morfologi, fisiologi dan biokimia cukup rumit dan lama sehingga penggunaan metode molekuler diharapkan dapat mengatasi permasalahan tersebut. Pemilihan benih yang sehat atau pembebasan benih dari patogen adalah salah satu upaya pengendalian dengan pendekatan minimisasi inokulum awal patogen penyebab penyakit sejak benih sebagai tahap paling dini dari fase pertumbuhan tanaman. Perlakuan fisik dengan elektroterapi diharapkan menjadi salah satu alternatif pengendalian untuk mengeliminasi patogen terbawa benih. Penelitian ini bertujuan mengetahui bakteri pada benih padi melalui identifikasi secara molekuler dan teknik eliminasi bakteri tersebut dengan penggunaan arus listrik tanpa menurunkan kualitas benih. Penelitian ini terdiri dari dua tahapan yaitu (1) isolasi dan identifikasi secara morfologi dan molekuler, (2) perlakuan elektroterapi pada benih padi untuk mengeliminasi bakteri terbawa benih. Bakteri diisolasi dari benih Ciherang menggunakan media semi selektif S-PG (sucrose phosphate glutamate). Koloni bakteri dari padi pada media S-PG memiliki ciri-ciri bulat, cembung, berwarna coklat kemerahan dan pinggiran koloni berwarna putih susu, bagian B memiliki ciri-ciri berwarna putih susu, berbentuk bulat, tepian rata, permukaan cembung dan tidak berpendar. Analisis nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing dari amplikon PCR menggunakan primer 63 f dan 1387r dilakukan pada isolat BC2 dan BC6. Isolat BC2 dan BC6 memilik homologi 97% dan 94% dengan nukleotida isolat-isolat A. avenae subsp. avenae yang tersedia dalam GenBank. Elektroterapi terhadap bakteri dan benih padi secara terpisah dengan parameter tegangan 12 Volts DC dan arus 1 A pada kisaran konsentrasi NaCl dalam elektrolit dan kisaran lama waktu elektroterapi menghasilkan treatment window yang pada konsentrasi NaCl 1 dan 1.25 M dan waktu 30, 35 dan 40 menit dapat menekan viabilitas bakteri namun tidak berpengaruh nyata bagi viabilitas benih padi. Elektroterapi benih padi yang diinokulasi dengan bakteri secara buatan pada konsentrasi 1.25 M dengan waktu perlakuan 35 dan 40 menit tidak berpengaruh terhadap viabilitas benih namun efektif untuk menekan populasi bakteri A. avenae subsp. avenae.