Keragaman Genetik Kelapa Bido Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia Berdasarkan Penanda Molekuler SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphisms).

Abstract

Kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman tahunan yang dikenal dengan sebutan “tree of life” karena seluruh bagian kelapa memberikan manfaat untuk manusia memenuhi memenuhi kebutuhan ekonomi, sosial, dan budaya seperti sebagai sumber makanan, minuman, kerajinan, bahan bangunan dan obat-obatan. Secara historis, pada tahun 1940 secara tidak sengaja seorang petani Bosu Labaka menemukan kelapa yang mengapung di laut dan ditanam di halaman rumah tepatnya di Desa Bido Pulau Morotai, kemudian benih Kelapa Bido dibudidayakan. Pada tahun 2017 Kelapa Bido dilepas oleh Balit Palma sebagai varietas unggul baru (VUB). Keunggulan Kelapa Bido dari pada kelapa lokal lainnya antara lain berbatang pendek seperti jenis kelapa genjah yaitu 1 meter pada usia 2-3 tahun, sudah berbuah dan 9 meter dengan usia 60 tahun, produksi buah tinggi seperti kelapa dalam yaitu sekitar 133 butir/pohon atau 16.395 butir/ha/tahun, potensi kopra lebih dari 4 ton/ha/tahun dan kadar minyak 58,34%. Keunikan dari Kelapa Bido ini adalah memiliki mahkota daun berbentuk roset dan memiliki jarak berkas daun lebih pendek dari kelapa genjah yaitu sekitar 4-5 cm. Pada kenyataannya, kelapa tersebut memiliki karakter secara morfologi yang berbeda dengan kelapa lokal pada umumnya (jenis genjah dan dalam). Dalam kegiatan pemuliaan tanaman, identitas suatu sumber genetik penting untuk diketahui. Tanaman kelapa membutuhkan waktu yang lama untuk mengkarakterisasi secara morfologi yang dapat digunakan dalam kegiatan seleksi dan evaluasi hasil persilangan. Pendekatan bioteknologi melalui pengembangan marka molekuler diperlukan untuk membantu mempercepat program pemuliaan salah satu caranya adalah dengan marka molekuler. Marka molekuler yang dapat digunakan salah satunya adalah dengan menggunakan marka SNAP berbasis gen inti WRKY, SUS, SACPD, α-D Galactosidase dan genom kloroplas. Penelitian ini terdiri dari dua percobaan. Pada percobaan pertama memiliki tujuan untuk menganalisa keragaman genetik Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia menggunakan lokus WRKY, SUS, SACPD dan α-D Galactosidase. Hasil analisis menggunakan cervus lokus SNAP tersebut menyatakan bahwa rata-rata jumlah alel (Na), heterozigositas pengamatan, heterozigositas harapan dan nilai PIC berturut-turut adalah 2, 0.65, 0.47 dan 0.37. Hasil analisis polimorfisme menyatakan bahwa ada sebelas lokus yang dapat digunakan karena cukup informatif. Aksesi-aksesi Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia terbagi menjadi tiga grup menggunakan metode Neighbour Joining dengan piranti lunak DARwin. Sejalan dengan hal tersebut, pada struktur genetik populasi menggunakan piranti lunak STRUCTURE juga membagi semua aksesi kelapa dalam 3 populasi yang mana ad hoc maksimum ΔK diperoleh pada K=3. Percobaan selanjutnya adalah pengembangan marka berdasarkan genom kloroplas. Genom kloroplas merupakan penanda yang efisien untuk mempelajari evolusi dan sejarah populasi tanaman melalui filogenetik karena bersifat sangat konservatif, diwariskan secara maternal, memiliki ukuran yang lebih kecil dibandingkan dengan genom inti tujuan dari penelitian ini adalah pengembangan primer berdasarkan genom kloroplas berbasis situ SNP dan indels. Berdasarkan sembilan sekuens genom kloroplas pada tanaman palma, telah berhasil didisain 10 primer berdasarkan situs SNP dan 5 primer berdasarkan situs insersi delesi. Hasil validasi primer tersebut menggunakan DNA kelapa Indonesia didapatkan hasil bahwa 10 primer SNP berhasil teramplifikasi sedangkan indels hanya 2 primer berbasis PCR.