| dc.description.abstract | Karakter pertambahan tinggi lambat merupakan salah satu tujuan program
pemuliaan kelapa sawit untuk meningkatkan umur ekonomis tanaman sehingga
dapat mengurangi siklus replanting dan memudahkan dalam proses pemanenan.
Karakter ini sangat erat kaitannya dengan gen kekerdilan (dwarf gene). Gen
kekerdilan banyak ditemukan berasosiasi dengan regulator pertumbuhan dan
perkembangan seperti Giberelin (GA), Brasinosteroid (BR) dan Poliamin.
Sebanyak 12 aksesi kelapa sawit yang merepresentasikan karakter pertambahan
tinggi yang berbeda yaitu lima genotipe E. guineensis sebagai pertambahan tinggi
normal, tiga genotipe E. oleifera sebagai pertambahan tinggi lambat dan lima
genotipe hibrida (E.o x E.g) sebagai karakter intermediet, digunakan untuk
percobaan identifikasi dan karakterisasi gen-gen terkait biosintesis hormon
regulator tanaman. Selanjutnya sebanyak 69 individu terbagi dalam 7 populasi
yang berbeda digunakan untuk mengembangkan marka berbasis Single Nucleotide
Polymorphism (SNP) untuk mengkaji keragaman genetik dan mengestimasi
asosiasi marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) dengan
karakter pertambahan tinggi. Analisis data menggunakan perangkat lunak
Geneious, MEGA6, DnaSP, Cervus, DARwin, dan STAR.
Gen Le, Rht-1, GID1 BRI1, DET2, SMT1 dan ACL5 mempunyai ukuran
yang bervariasi mulai dari 792 pb sampai dengan 3362 pasang basa (pb). Jumlah
situs SNP yang diperoleh pada tiap gen Le, Rht-1, GID1, BRI1, DET2, SMT1 dan
ACL2 adalah 11, 16, 12, 26, 8, 3 dan 5 situs SNP berturut-turut. Analisis pohon
filogenetik berdasarkan sekuens asam amino tujuh gen target tersebut
menunjukkan bahwa 12 aksesi mengelompok dalam satu kelompok yang terbagi
dalam sub-sub kelompok sesuai dengan masing-masing aksesi yang
merepresentasikan karakter pertambahan tinggi. Pengelompokkan sesuai dengan
hasil pensejajaran asam amino yang menunjukkan bahwa terdapat keragaman
sekuens ketujuh gen target dengan homolognya pada spesies lain. Domain
terkonservasi teridentifikasi dari tujuh gen target direpresentasikan dengan
pensejajaran asam amino tiga genotipe kelapa sawit yaitu E. guineensis, E.
oleifera dan hibrida (E.o x E.g). Sebanyak 15 marka SNAP terpilih diuji pada 69
aksesi memiliki tingkat polimorfisme yang rendah sampai moderate (cukup
informatif). Sebanyak 15 lokus yang digunakan dalam penelitian ini, 6 lokus
cukup informatif didalam mendeteksi polimorfisme DNA terhadap populasi yang
diuji. Pengelompokkan filogenetik berdasarkan 15 marka SNAP membagi tiga
kelompok populasi. Hasil analisis asosiasi marka single-locus diperoleh satu lokus
yang berasosiasi dengan karakter pertambahan tinggi tanaman, yaitu marka
berbasis situs SNP ke 1008 pada gen Le. | id |
