Deteksi dan Identifikasi Nematoda Ditylenchus pada Umbi Bawang Putih Impo
Abstract
Bawang putih merupakan salah satu komoditas hortikultura yang banyak
dikonsumsi masyarakat Indonesia. Sayangnya, tingginya tingkat konsumsi
bawang putih tidak dapat dipenuhi produksi di dalam negeri. Untuk itu, Indonesia
melakukan importasi umbi bawang putih dari negara lain, salah satunya Cina.
Tingginya laju importasi umbi bawang putih berpotensi terhadap masuk dan
tersebarnya organisme pengganggu tumbuhan karantina (OPTK) A1 yang belum
terdapat di wilayah Indonesia. Penelitian ini bertujuan mendapatkan informasi
tentang keberadaan dan identitas spesies Ditylenchus pada umbi bawang putih
impor secara morfologi dan biomolekuler, serta analisis filogenetik. Penelitian
dilakukan dari bulan November 2017 sampai Oktober 2018 di Laboratorium
Nematologi Tumbuhan dan Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan Departemen
Proteksi Tanaman IPB serta Laboratorium Nematologi Balai Besar Karantina
Pertanian (BBKP) Tanjung Priok.
Pengambilan sampel umbi bawang putih dilakukan di Pelabuhan Tanjung
Priok. Ekstraksi nematoda dilakukan dengan metode corong Baerman yang
dimodifikasi, sedangkan ekstraksi DNA nematoda dilakukan dengan metode
Yavuzaslanoglu et al. (2017) yang dimodifikasi. Identifikasi morfologi dilakukan
dengan mengamati karakter morfologi kunci spesies Ditylenchus. Pengukuran
morfometri nematoda dilakukan berdasarkan formula De Man. Identifikasi secara
molekuler menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) menggunakan
primer universal (D2A-D3B) yang mengkarakterisasi daerah 28S rDNA nematoda.
Hasil amplifikasi DNA dilanjutkan dengan perunutan nukleotida dan analisis
filogenetik. Identifikasi molekuler juga dilakukan menggunakan primer spesifik D.
destructor (DdL1-DdL2) dan D. dipsaci (PF1-PR1) yang mengkarakterisasi
daerah internal transcribed space (ITS) nematoda. Hasil amplifikasi DNA
dilanjutkan dengan kloning. Kloning D. destructor dilakukan dengan metode TA
kloning pada plasmid pTA2 dan ditransformasikan ke dalam bakteri Escherichia
coli DH5α. Konfirmasi klon rekombinan dilakukan dengan PCR koloni
menggunakan primer spesifik D. destructor (DdL1-DdL2) diikuti dengan
perunutan nukleotida.
Sebanyak 25 % dari jumlah sampel yang diuji positif terinfestasi ringan oleh
nematoda. Gejala penyakit akibat infeksi nematoda pada umbi antara lain warna
umbi kekuningan, tekstur lunak, dan bagian dasar umbi mudah retak. Identitas
spesies nematoda yang ditemukan berdasarkan karakter morfologi dan morfometri
adalah D. dipsaci dan D. destructor. Hasil pengukuran karakter morfometri D.
dipsaci (n = 26 ♀ dan 27 ♂) menunjukkan panjang tubuh bervariasi yaitu 563.9 -
1008 μm. Rata-rata panjang tubuh D. destructor (n = 25 ♀ dan 26 ♂) lebih besar
dibandingkan dengan D. dipsaci yaitu 739 - 1458 μm. Nilai rasio a, b, dan c dari
kedua nematoda juga bervariasi. Secara umum, hasil pengukuran karakter
morfometri kedua nematoda sesuai dengan yang diuraikan oleh Hooper (1972)
dan peneliti lainnya, kecuali pada karakteristik panjang tubuh D. dipsaci. Panjang
tubuh D. dipsaci yang ditemukan lebih pendek dibandingkan spesies pada
umumnya yaitu + 564 μm.
Identifikasi molekuler dengan PCR menggunakan primer universal (D2AD3B)
berhasil mengamplifikasi fragmen DNA dengan ukuran +780 pb. Analisis
runutan nukleotida menunjukkan D. destructor asal bawang putih impor memiliki
tingkat homologi yang tinggi (100 %) dengan spesies yang sama asal negara Cina,
Latvia, dan Iran dengan nilai query cover sebesar 98 %. Analisis filogenetik
menunjukkan D. destructor asal bawang putih impor berkerabat sangat dekat
dengan spesies yang sama asal Cina, Rusia, dan Iran. Identifikasi molekuler
dengan PCR menggunakan primer spesifik (DdL1-DdL2) berhasil
mengamplifikasi fragmen DNA D. destructor dengan ukuran 485 pb. Fragmen
DNA D. destructor berhasil diligasikan dalam plasmid pTA2 dan
ditransformasikan ke bakteri E. coli DH5α. Konfirmasi klon rekombinan berhasil
dilakukan dengan PCR koloni menggunakan primer spesifik DdL1-DdL2 dengan
ukuran fragmen 485 pb. Hasil ini selaras dengan hasil amplifikasi D. destructor
sebelum dilakukan kloning. Analisis runutan nukleotida menunjukkan D.
destructor hasil kloning memiliki tingkat homologi 100 % dengan spesies yang
sama asal Cina, Amerika, dan Iran dengan nilai query cover sebesar 99 %.
Penelitian ini memberikan manfaat berupa informasi baru mengenai
identitas spesies Ditylenchus terbawa umbi bawang putih impor di Indonesia.
Informasi tersebut dapat dijadikan dasar pemutakhiran daftar OPTK dan
pengambilan kebijakan bagi pemerintah Indonesia untuk mencegah introduksi dan
penyebaran nematoda lebih lanjut.
Collections
- MT - Agriculture [3677]