Deteksi dan Identifikasi Tobacco mosaic virus pada Tanaman Pare, Oyong, dan Semangka di Jawa

Abstract

Gejala infeksi virus yang bervariasi ditemukan pada pertanaman cucurbitaceae dengan penyebab yang belum diketahui. Oleh karena banyak virus yang menginfeksi cucurbitaceae, maka tujuan penelitian ini untuk mendeteksi dan mengidentifikasi TMV pada tanaman pare, oyong, dan semangka dengan pendekatan molekuler. Sampel bergejala diambil dari Nganjuk, Jawa Timur; Brebes dan Klaten, Jawa Tengah; serta Bogor dan Subang, Jawa Barat. Frekuensi virus ditentukan secara serologi dengan metode Dot Blot Immunobinding Assay (DIBA) menggunakan 6 antiserum. Deteksi asam nukleat dilakukan dengan teknik Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR/PCR) menggunakan primer universal Tobamovirus, perunutan dan analisis DNA virus. Hasil DIBA menunjukkan frekuensi virus yang terdeteksi yaitu TMV berkisar 5.88-89.58%, PRSV berkisar 11.76-87.50%, CABYV berkisar 23.83-83.33%, CMV berkisar 8.72-88.89%, SqMV berkisar 5.88-39.69%, dan ZYMV berkisar 8.33-61.11%. RT-PCR berhasil mengamplifikasi DNA dari sampel pare asal Bogor, oyong asal Klaten, dan semangka asal Nganjuk. Homologi nukleotida dan asam amino gen Coat Protein (CP) dan parsial gen movement protein (MP) antar isolat TMV sebesar 100%. Ketiga isolat menunjukkan homologi nukleotida dan asam amino gen CP dan MP tertinggi terhadap isolat mentimun dari Brebes, isolat tomat dari Jerman, isolat tembakau dari Korea dan Amerika Serikat, isolat terong dari Afrika serta isolat kedelai dari India. Hal ini menunjukkan keberadaan TMV pada cucurbitaceae selain mentimun di Jawa.