Kestabilan Struktur 3D Lipase PPD2 terhadap Perubahan Konsentrasi Air Garam: Kajian Komputasi Dinamika Molekul.

Abstract

Enzim Lipase memiliki peran dalam dunia industri. Enzim Lipase PPD2 merupakan enzim yang diisolasi dari mata air Papandayan. Pada penelitian kali ini Simulasi Dinamika Molekul dilakukan pada struktur 3D Enzim Lipase PPD2 dengan penambahan variasi garam dan suhu. Simulasi Dinamika Molekul memberikan informasi bahwa penambahan garam memiliki pengaruh untuk menstabilkan struktur 3D Enzim Lipase PPD2 terhadap pengaruh kenaikan suhu. Nilai RMSD , Jari-jari Girasi, RMSF, SASA, Interaksi Van der Waals, dan pasangan jembatan garam menunjukan simulasi dengan penambahan variasi garam menghasilkan nilai yang lebih stabil dibandingkan simulasi tanpa penambahan garam. Nilai RMSF memberikan informasi konsentrasi garam 1.5 M merupakan konsentrasi garam terbaik yang dapat menjaga kestabilan suhu sekaligus tetap dapat mempertahan fleksibelitas setiap residu asam amino yang terdapat pada sistem.