dc.description.abstract | Ayam asli tidak hanya berkontribusi terhadap konservasi sumber genetik
unggas, tetapi juga memainkan peran penting dalam ekonomi di masyarakat.
Ayam kampung merupakan ayam asli Indonesia, yang dapat ditemukan dengan
mudah di daerah pedesaan. Peningkatan performa ayam kampung dapat dilakukan
dengan seleksi dan persilangan, atau dengan pemanfaatan keduanya. Untuk
meningkatkan performa pertumbuhan dan karkas ayam kampung, persilangan
menghasilkan F2 antara kampung dan ayam ras pedaging strain Cobb dirancang
dan kemudian diikuti seleksi berdasarkan gen-gen pengontrol karakteristik karkas.
Gen growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), ghrelin receptor
(GHSR), dan myostatin (MSTN) memainkan peran penting dalam pertumbuhan
dan perkembangan otot. Penelitian ini bertujuan untuk memberikan informasi
keragaman genetik ayam silangan F2 kampung dan ayam ras pedaging
berdasarkan gen pengontrol karakteristik karkas, yaitu GH, GHR, GHSR, dan
myostatin.
Penelitian ini terdiri atas dua (2) tahap: (1) Polimorfisme gen GH, GHR,
GHSR, dan myostatin pada ayam kampung dan ayam pedaging, dan (2) Ekspresi
dan sekuen utuh gen myostatin pada ayam bobot tinggi dan rendah. Sebanyak 215
ekor ayam terdiri atas 4 populasi ayam (kampung, ras pedaging strain Cobb,
silangan F1 dan silangan F2 kampung dan ras pedaging) digunakan untuk
penelitian tahap 1. Identifikasi polimorfisme dilakukan dengan teknik PCR-RFLP
dengan enzim restriksi EcoRV, Eco72I, Hin6I, dan BsrI masing-masing untuk gen
GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Komponen karkas pada umur 26 minggu di
kampung F2 dan ayam pedaging (42 ekor ayam) digunakan untuk analisis asosiasi.
Semua gen yang dianalisis bersifat polimorfik pada semua populasi ayam.
Asosiasi signifikan ditemukan antara g.565G>A polimorfisme GHR dengan bobot
hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot otot dada, dan bobot otot
paha. Polimorfisme GHSR g.1857T>C berasoasasi secara signifikan dengan bobot
hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot paha bawah, bobot sayap,
bobot otot dada, bobot otot paha atas, dan bobot otot paha bawah. Polimorfisme
g.4842T>G myostatin berasosiasi dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot
komponen karkas, bobot otot, dan air bebas pada daging. Efek dari g.4842T>G
myostatin ini juga telah dikonfirmasi pada jenis ayam yang berbeda. Dengan
demikian, g.4842T>G myostatin merupakan kandidat penting untuk pertumbuhan
ayam dan peningkatan massa otot.
Penelitian tahap 2 adalah studi validasi untuk membuktikan peran myostatin
pada karakteristik karkas. Dua kelompok ayam berdasarkan berat badan umur 12
minggu digunakan dalam penelitian ini. Kelompok ayam ini diperoleh dari
populasi silangan F2 kampung dan ayam pedaging. Sekuen lengkap gen myostatin
ayam dibatasi menjadi 24 sekuen parsial. Sebanyak 170 mutasi ditemukan di
sepanjang gen myostatin termasuk 148 mutasi titik dan 22 indel. Di antara mutasi
tersebut, 161 mutasi ditemukan sebagai mutasi novel. Mutasi spesifik ditemukan
pada ayam dengan bobot badan rendah dan tinggi, diantaranya adalah 5 mutasi
pada ayam dengan bobot badan tinggi dan 25 mutasi pada ayam dengan bobot
badan rendah. Dua belas haplotipe ditemukan dalam sekuen coding region gen
myostatin, termasuk dua haplotipe spesifik pada ayam dengan bobot badan tinggi
dan lima haplotipe pada ayam dengan bobot badan rendah. Tidak ada perbedaan
asam amino antara sekuen coding region gen myostatin ayam dengan bobot badan
tinggi dan rendah.
Ekspresi relatif digunakan untuk menghitung cycles treshold (CT) gen
myostatin pada jaringan otot antara ayam dengan bobot badan tinggi dan rendah.
Ayam dengan bobot badan rendah memiliki ekspresi gen myostatin yang
cenderung lebih tinggi dibanding ayam dengan bobot badan tinggi. Hasil ini tidak
berbeda secara statistik (p>0.05). Tidak ada perbedaan urutan asam amino dan
ekspresi gen diduga dapat menghasilkan struktur dan fungsi protein myostatin
yang sama.
Kesimpulannya, myostatin adalah penanda genetik potensial untuk
karakteristik karkas pada ayam kampung dan ras pedaging dengan 170 mutasi
yang ditemukan di sepanjang sekuen DNA, termasuk 148 mutasi titik dan 22 indel.
Alel dan haplotipe spesifik ditemukan dan berpotensi dapat digunakan untuk
penciri genetik. Penelitian ini menekankan keragaman genetik gen myostatin pada
kelompok bobot ayam yang berbeda untuk pertama kalinya, memberikan bukti
untuk myostatin sebagai gen kandidat penting untuk karakteristik karkas pada
ayam. | id |