| dc.description.abstract | Proses identifikasi SNP (single nucleotide polymorphism) melalui
laboratorium memerlukan banyak biaya dan menyita waktu, sehingga digunakanlah
bantuan program komputer. Informasi SNP dapat diperoleh melalui beberapa
tahapan yang perlu dikerjakan. Masing-masing tahapan tersebut dieksekusi oleh
satu program komputer berupa tools tertentu. Pada penelitian ini, tahapan-tahapan
dan tools yang digunakan untuk memperoleh informasi SNP adalah penjajaran
sekuens dengan Bowtie 2, praproses hasil penjajaran sekuens dengan GATK,
identifikasi dan filtrasi SNP dengan SAMtools/BCFtools, dan prediksi efek SNP
dengan SnpEff. Oleh karena identifikasi SNP memerlukan serangkaian tahapan
yang cukup banyak, sehingga penelitian ini memanfaatkan pipeline untuk mengatur
urutan eksekusi setiap task identifikasi SNP dan memproses keluaran setiap tahapan
untuk diteruskan ke tahapan berikutnya. Penelitian ini juga menggunakan informasi
SNP untuk mengonstruksi pohon filogenetik. Pipeline SNP yang dikembangkan
berhasil mengidentifikasi SNP dari sekuens reads (unpaired atau paired) dan dapat
menampilkan informasi detail SNP yang teridentifikasi. Pohon filogenetik berhasil
dikonstruksi dari empat varietas kedelai menggunakan metode UPGMA atau
Neighbor-Joining dengan tools VCF-kit. | id |
