| dc.description.abstract | Ayam kampung merupakan sumber daya genetik ternak asli Indonesia.
Ayam kampung mempunyai peranan penting dalam ketahanan pangan khususnya
protein hewani asal ternak unggas. Konsumsi daging ayam kampung nasional
pada tahun 2012 adalah 0.521 kg-1kapita-1tahun-1. Hal ini lebih rendah dari
konsumsi ayam broiler yang mencapai 3.494 kg-1kapita-1tahun-1 (Ditjennak
Keswan 2012). Hal ini karena ayam broiler merupakan ternak yang secara genetik
memiliki keunggulan dalam pertumbuhan dan keempukan daging, tetapi daya
adaptasi lingkungan dan ketahanan terhadap penyakit masih rendah.
Perbaikan mutu genetik perlu dilakukan untuk meningkatkan pertumbuhan
dan kualitas daging terutama perlemakannya. Perbaikan pertumbuhan melalui
seleksi telah dilakukan dengan menggunakan beberapa gen pengontrol sifat
pertumbuhan diantaranya gen growth hormon (GH), gen growth hormon reseptor
(GHR), gen insuline-like growth factor-1 (IGF-1), dan gen insuline-like growth
factor-1 reseptor (IGF-1R). Selain sifat pertumbuhan peningkatan mutu genetik
dapat dilakukan berdasarkan sifat kualitas karkasnya terutama perlemakan. Ada
beberapa gen pengontrol lemak yang memiliki peran penting seperti adipose fatty
acid binding protein (A-FABP), very low density apolipoprotein (ApoVLDLII)
dan stearoyl co-a desaturase (SCD).
Tujuan dari penelitian ini adalah 1) mengidentifikasi keragaman gen terkait
sifat pertumbuhan dan perlemakan ayam silangan Kampung-broiler, 2)
mengasosiasikan keragaman gen dengan sifat pertumbuhan dan perlemakan ayam
silangan Kampung-broiler, 3) menganalisis ekspresi gen ayam dengan asam
lemak tinggi dan asam lemak rendah
Hasil penelitian tahap I menunjukkan bahwa keragaman pada lokus
IGF1|PstI bersifat monomorfik. Pada semua populasi hanya ditemukan satu
genotipe (AA) dan satu alel (A). Keragam pada lokus IGF1R|AluI bersifat
polimorfik pada populasi ayam kampung dan monomorfik pada populasi ayam
broiler dan silangan kampung-broiler. Pada ayam broiler dan silangan kampungbroiler
hanya ditemukan genotipe CC dan alel C. Pada populasi ayam kampung
ditemukan dua genotipe (CC dan CT) dan dua alel (C dan T). Keragaman lokus
IGFBP2|Eco72I bersifat polimorfik untuk semua populasi ayam. Pada lokus ini
ditemukan tiga genotipe (CC, CT, TT) dan dua alel (C dan T). Pada lokus AFABP|
TaqI, keragaman bersifat polimorfik dengan munculnya tiga genotipe (AA,
AG, dan GG) dan dua alel (A dan G). Keberagaman (polimorfik) terjadi pada
lokus SCD|AciI. Pada lokus ini ditemukan tiga genotipe (AA, GG dan AG) dan
dua alel (A dan G). Keseimbangan Hardy-Weinberg secara umum terjadi pada
semua populasi ayam. Keseimbangan ini menunjukkan adanya perkawinan acak
dan tidak adanya seleksi.
Hasil penelitian tahap II menunjukkan bahwa ditemukannya tiga genotipe
(CC, CT dan TT) dan dua alel (C dan T) di lokus IGFBP2|Eco72I pada semua
populasi ayam. Pada tahap ini diketahui bahwa keragaman gen IGFBP2 secara
umum berasosiasi dengan komposisi karkas. Asosiasi signifikan terlihat pada
peubah bobot potong, dada, daging dada, Pectoralis minor, dan sayap. Peubah
bobot karkas, Pectoralis mayor, dan paha tidak berasosiasi dengan keragaman
gen IGFBP2. Ayam kampung dengan genotipe TT memiliki nilai tertinggi pada
peubah bobot potong, dada, dan sayap (P<0.05). Genotipe CC terbesar terlihat
pada peubah bobot daging dada dan Pectoralis minor (P<0.05). Ayam dengan
genotipe CT memiliki nilai paling rendah pada semua peubah (P<0.05).
Pada tahap III, sepasang primer telah digunakan untuk mengamplifikasi 492
pb dari fragmen gen ApoVLDLII intron 1. Ada sebuah SNP G/A pada basa ke
634 berdasarkan nomor akses GenBank V00448. Pada penelitian ini genotipe AA
tidak ditemukan dan hanya ada dua genotipe saja yang ditemukan dalam
penelitian ini (AG dan GG). Terdapat asosiasi yang signifikan antara keragaman
gen ApoVLDLII dengan bobot potong, karkas, dada, punggung, paha atas, dan
daging paha atas pada ayam kampung 26 minggu. Komposisi tubuh lainnya
seperti bobot paha bawah, sayap, daging dada, dan daging paha bawah tidak
berasosiasi. Genotipe AG memiliki nilai lebih tinggi daripada genotipe GG pada
komposisi tubuh ayam kampung seperti bobot potong, karkas, dada, punggung,
paha atas, dan daging paha atas.
Pada tahap IV, terdapat sebuah SNP A/G pada basa 37284 (g.37284A>G)
berdasarkan nomor akses GenBank NC_006093. Penentuan genotipe telah
berhasil dilakukan dengan menggunakan metode PCR-RFLP pada SNP ini di
exon 2 gen SCD. Sebanyak tiga genotipe ditemukan dalam penelitian ini yaitu
AA, AG dan GG. Frekuensi genotipe AG memiliki nilai tertinggi diantara
genotipe lainnya (AA dan GG). Frekuensi alel A lebih tinggi dibandingkan
dengan alel G pada ayam silangan Kampung-broiler (F2). SNP g.37284A>G pada
gen SCD secara signifikan berasosiasi dengan komposisi asam lemak pada ayam
silangan kampung-broiler umur 26 minggu. Keragaman ini berasosiasi dengan
asam palmitoleat (C16:1), total fatty acids (TFA), dan saturated fatty acids (SFA).
Pada komposisi asam lemak lainnya seperti fat content (FC), monosaturated fatty
acids (MUFA) dan polyunsaturated fatty acids (PUFA) tidak ditemukan
perbedaan yang nyata. Pada penelitian ini, ayam dengan genotipe GG memiliki
nilai yang lebih tinggi daripada ayam dengan genotipe AG dan AA pada asam
palmitoleat (C16:1). Pada kajian ekspresi gen, analisis ekpresi mRNA (qRT-PCR)
menunjukkan bahwa gen SCD terkespresi di jaringan hati. Dalam penelitian ini,
sebanyak lima sifat asam lemak dianalisis ekspresi gennya. Hanya ada satu
perbedan ekspresi yang signifikan antara grup tertinggi dan terendah pada
polysaturated fatty acids (PUFA) di jaringan hati.
Kesimpulan penelitian ini yaitu keragaman gen pada IGF1R dan IGF1
bersifat monomorfik, sedangkan keragaman gen IGFBP2, AFABP, dan SCD
bersifat polimorfik. Keragaman gen IGFBP2 dan ApoVLDLII berasosiasi dengan
komposisi tubuh. Ayam bergenotipe CC dan AG berturut-turut memiliki nilai
tertinggi pada keragaman gen IGFBP2 dan ApoVLDLII. Keragaman gen SCD
berasosiasi dengan komposisi asam lemak. Ayam bergenotipe GG memiliki nilai
yang tinggi pada asam palmitoleat. Gen SCD terekspresi pada jaringan hati terkait
asam lemak tidak jenuh rantai ganda (PUFA). | id |
