dc.description.abstract | Infeksi Saluran Kemih (ISK) adalah infeksi yang terjadi akibat invasi
mikroorganisme pada saluran kemih bagian bawah maupun atas. Infeksi ini sering
menyerang anak laki-laki maupun perempuan. Bakteri penyebab ISK diketahui
merupakan kelompok mikrobiota yang sewaktu-waktu dapat bersifat patogen dan
mampu menghasilkan senyawa toksik. Selama ini komunitas bakteri yang dikaji
terbatas pada bakteri yang dapat dikulturkan (culturable), sedangkan bakteri
penginfeksi saluran kemih yang tidak dapat dikulturkan (unculturable) dari
sampel urin belum diketahui. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk
mengetahui keragaman bakteri penginfeksi saluran kemih baik yang culturable
maupun unculturable dari sampel urin anak yang didiagnosa menderita infeksi
saluran kemih (ISK).
Bakteri culturable diisolasi dan dipurifikasi menggunakan media Eosin
Methylen Blue Agar (EMBA). Dalam penelitian ini, sebanyak 13 sampel urin
anak-anak berusia 6-17 tahun dianalisis. Isolat yang diperoleh diidentifikasi secara
morfologi, fisiologi dan patogenitasnya. Selain itu, identifikasi secara molekuler
juga dilakukan dengan mengekstrak DNA genom delapan isolat terpilih (SBU1,
SBU2, SBU3, SBU4, SBU5, SBU6, SBU7 dan SBU8) menggunakan Presto Mini
gDNA Bacteria Kit, dan diamplifikasi gen 16S rRNA. Bakteri unculturable
dianalisis dengan mengekstrak total DNA genom langsung dari sampel urin. Gen
16S rRNA diamplifikasi dengan nested PCR menggunakan primer 16S
rRNA+GC clamp menghasilkan produk 180 pb. Analisis komunitas bakteri
unculturable dilakukan menggunakan Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
(DGGE). Gen 16S rRNA bakteri culturable dan unculturable yang diperoleh,
diurutkan basa nukleotidanya dan dianalisis kekerabatannya menggunakan
software bioinformatika MEGA 7.
Analisis sekuen gen 16S rRNA menunjukkan bahwa tujuh isolat terpilih
berkerabat dekat dengan kelompok Enterobacteriaceae dan satu isolat berkerabat
dekat dengan kelompok Moraxellaceae. Hasil analisis DGGE pada 10 sampel urin
menghasilkan pita DGGE yang cukup beragam. Berdasarkan analisis
pengelompokan (clustering analysis) menggunakan gen 16S rRNA secara umum
terdapat 2 cluster yaitu SU1, SU5, SU8, SU9, SU10 dan SU2, SU3, SU4, SU6,
SU7. Terpisahnya 2 cluster tersebut disebabkan adanya perbedaan keragaman
bakteri penginfeksi saluran kemih yang disebabkan oleh karakteristik urin serta
tingkat keparahan penyakit yang terjadi. Analisis indeks Shannon-Wienner (H’)
digunakan untuk mengestimasi keragaman mikrob pada setiap sampel. Indeks
keragaman (H’) berdasarkan gen 16S rRNA pada 10 sampel berkisar 0.692-2.066.
Indeks kemerataan (e’) dari gen 16S rRNA berkisar antara 0.6235-0.9995.
Profil DGGE gen 16S rRNA menunjukkan keragaman komunitas bakteri
unculturable yang diwakili oleh 9 sembilan pita DGGE. Hasil separasi pita gen
16S rRNA dipotong dan di re-PCR menggunakan primer non GC clamp untuk
sekuensing. Analisis filogenetik berdasarkan BLAST-N menunjukkan mayoritas
bakteri penginfeksi saluran kemih yang didapatkan berkerabat dekat dengan
uncultured bacterium. Namun terdapat tiga pita yang terdeteksi sebagai aggota
filum Proteobacteria dan satu pita sebagai Firmicutes. Konstruksi pohon
filogenetik antara bakteri culturable dan unculturable menunjukkan hasil yang
sedikit berbeda. Komunitas bakteri culturable didominasi oleh kelompok
Enterobacteriaceae yang masih termasuk anggota filum Proteobacteria,
sedangkan komunitas bakteri unculturable didominasi oleh filum Proteobacteria
serta Firmicutes. Komunitas bakteri unculturable tidak ditemukan pada konstruksi
filogenetik bakteri culturable dipengaruhi oleh media isolasi dan kondisi inkubasi
yang belum sesuai untuk bakteri tersebut tumbuh. Kombinasi metode kultivasi
dan metagenomik memberikan cara yang tepat dalam menentukan keragaman
bakteri pada anak-anak yang didiagnosis ISK. Hasil yang diperoleh menunjukkan
bahwa komunitas bakteri culturable dan unculturable pada anak-anak yang
didiagnosa ISK, menunjukkan hasil yang relatif berbeda. Filum Firmicutes hanya
ditemukan pada pendekatan metagenomik, sementara filum Proteobacteria dapat
ditemukan baik secara kultivasi maupun metagenom, meskipun demikian genus
yang didapatkan berbeda untuk masing-masing metode. | id |