Identifikasi Molekuler Nematoda Aphelenchoides besseyi Christie melalui Perunutan Nukleotida dan Asam Amino Gen Mitochondrial Cytochrome Oxidase I (Mt-CO1).

Abstract

Aphelenchoides besseyi merupakan nematoda parasit bersifat tular benih penyebab penyakit pucuk putih pada tanaman padi. Identifikasi A. besseyi berdasarkan perunutan nukleotida dan asam amino belum pernah dilaporkan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi A. besseyi pada lima varietas benih padi dengan perunutan nukleotida dan asam amino gen Mt-CO1. Metode penelitian, yaitu ekstraksi nematoda, perancangan primer, ekstraksi DNA nematoda, Polymerase Chain Reaction (PCR), Perunutan nukleotida dan asam amino. Analisis filogenetika dengan program BLAST, Clustal W, Bioedit v.7.0.5.3, MEGA v.6.06. Deteksi lima varietas padi (Pertiwi 1, Inpari 6, IPB 3S, Ciherang, dan Mekongga) melalui PCR dengan pasangan primer forward (5’-GATATGGGTGCAGGAACA-3’) dan reverse (5’-CTTCAGGGT GACCAAAGA-3’) berhasil mengamplifikasi fragmen DNA Mt-CO1 sekitar 400 pb. Hasil perunutan nukleotida diperoleh berukuran 370 nukleotida, yang ditranslasikan menjadi 109 asam amino. Homologi isolat A. besseyi Indonesia sebesar 100% dengan isolat asal Costa Rica, Jepang, Taiwan, dan homologi sebesar 99.7% nukleotida dan 99% asam amino dengan isolat asal Turki, Italia, Brazil, dan Spanyol. Homologi isolat Cina sebesar 97.8% nukleotida dan 94.4% asam amino. Perbandingan homologi dengan outgrup, isolat A. ritzemabosi asal Inggris sebesar 85.6% nukleotida dan 56.4% asam amino serta dengan isolat Bursaphelenchus sexdentati asal Yunani sebesar 84.3% nukleotida dan 57.4% asam amino. Perbedaan runutan nukleotida antar isolat terletak pada posisi nukleotida ke 8, 17, 20, 25, 65 dan 110, perbedaan runutan asam amino terletak pada posisi 3, 6, 7, 9, 21 dan 76. Hal ini menunjukkan bahwa isolat asal Indonesia memiliki kesamaan identik tinggi dan berkerabat sangat dekat dengan isolat asal Costa Rica, Jepang, dan Taiwan.