Deteksi dan Identifikasi Virus pada Ubi Jalar (Ipomoea batatas L.) di Bogor, Jawa Barat dan Malang, Jawa Timur

Abstract

Ubi jalar (Ipomoea batatas L.) merupakan salah satu tanaman pangan yang penting dan Jawa merupakan salah satu produsen ubi jalar terbesar di Indonesia. Salah satu faktor yang menjadi pembatas produksi tanaman ubi jalar yaitu adanya infeksi virus. Banyak gejala seperti infeksi virus ditemukan di lapangan, namun masyarakat tidak mengetahui gejala maupun identitas virus pada ubi jalar. Hal ini menyebabkan penyebaran infeksi virus yang semakin meluas karena tidak adanya upaya pengendalian yang dilakukan. Penelitian ini bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi virus pada ubi jalar dengan pendekatan molekuler. Sampel yang bergejala diambil pada beberapa pertanaman ubi jalar di Bogor, Jawa Barat dan Malang, Jawa Timur. Insidensi penyakit diamati berdasarkan gejala dan dideteksi dengan Dot Immunobinding Assay (DIBA), sedangkan identifikasi virus dilakukan dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan perunutan DNA. Berdasarkan pengamatan, insidensi penyakit yang dominan ditemukan di lapangan yaitu bercak kuning sekitar 16.2-100%, bercak ungu tidak beraturan sekitar 9.3-70%, dan bercak ungu beraturan sekitar 13.3-60%. Hasil DIBA menunjukkan bahwa dari 33 sampel yang dideteksi terdapat 18 sampel positif terhadap antiserum Potyvirus, 3 sampel positif terhadap antiserum Cucumber mosaic virus (CMV), dan negatif terhadap antiserum Sweet potato mild mottle virus (SPMMV). RT-PCR sampel bergejala bercak kuning asal Cikarawang dan bercak ungu tidak beraturan asal Cibungbulang dengan primer universal gen CI (cylindrical inclusion) Potyvirus berhasil mengamplifikasi DNA berukuran ±700 pb dan teridentifikasi sebagai Sweet Potato feathery mosaic virus (SPFMV). Sampel bergejala interveinal yellowing asal Malang diamplifikasi dengan primer Potyvirus dan Begomovirus, karena adanya dugaan bahwa gejala disebabkan oleh infeksi ganda Potyvirus dan Begomovirus. Berdasarkan hasil perunutan DNA, Interveinal yellowing disebabkan oleh infeksi ganda Sweet potato virus C (SPVC) dan Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV). Infeksi SPFMV pada ubi jalar merupakan virus yang pertama kali dilaporkan di Jawa Barat, sementara SPVC dan PYLCV merupakan virus yang pertama kali dilaporkan menginfeksi tanaman ubi jalar di Indonesia.