Prediksi Struktur 3D PfHT dengan Variasi Ensembel Termodinamika.

Abstract

Malaria adalah penyakit infeksi parasit yang disebabkan oleh Plasmodium sp dengan menyerang eritrosit dan ditandai dengan ditemukannya bentuk aseksual di dalam darah. Plasmodium falciparum merupakan spesies yang mematikan karena kemampuannya yang dapat menyebabkan komplikasi selebral. PfHT mengalami reaksi struktur protein paling baik terjadi pada ensembel NVT dengan suhu 300 K. Penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul menggunakan metode variasi ensembel termodinamika pada model PfHT yang dihasilkan oleh I-Tasser dengan waktu simulasi selama 50 ns. Penelitian ini memperoleh 24 pasangan jembatan garam yang muncul pada semua keadaan, 2 pasangan residu yang muncul pada keadaan NPT dan NVE, 4 pasangan residu yang muncul pada keadaan NVE dan NVT, 2 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NPT, 7 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NVE, dan 1 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NVT. Hasil penelitian menunjukkan bahwa PfHT bekerja optimum pada kondisi NVT dan belum mengalami kerusakan struktur (denaturasi) pada kondisi NPT dan NVE.