| dc.description.abstract | Panulirus (Palinuridae: Decapoda) merupakan salah satu genus lobster
yang jumlahnya melimpah dan memiliki morfologi yang beragam. Distribusi
genus ini tersebar di perairan tropis dan sub-tropis. Di Indonesia spesies dari
genus Panulirus yang sering ditemukan yaitu P. ornatus, P. homarus, P. longipes,
P. versicolor, P. penicillatus, P. femoristiga, dan P. polyphagus. Persebaran
lobster yang luas dipengaruhi oleh lamanya fase larva dan arus laut. Tahap akhir
fase larva lobster bisa berlangsung di lokasi dan kedalaman yang berbeda dengan
lokasi asal karena memiliki fase larva pelagik yang panjang dan tersebar
mengikuti arus laut. Keterkaitan genetik mungkin terjadi pada lobster yang
menempati lokasi berbeda.
Identifikasi morfologi banyak dilakukan pada individu dewasa. Morfologi
akan berubah selama proses pertumbuhan sehingga identifikasi spesies seringkali
mengalami kesulitan. Penggunaan penanda genetik yang spesifik dapat
memberikan solusi yang tepat untuk mengatasi keraguan dalam taksonomi dan
mengetahui pola persebaran organisme perairan. Hal ini dilakukan untuk
memperoleh berbagai data sebagai pendukung pengelolaan dan perlindungan
terhadap genus ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis sekuen COI yang
dibandingkan pada lobster genus Panulirus dan menentukan daerah yang paling
cocok digunakan sebagai barcode untuk identifikasi lobster, serta menganalisis
keterkaitan genetik lobster antar wilayah perairan Indonesia dengan metode PCRRAPD.
Sampel lobster dikumpulkan dari beberapa wilayah perairan Indonesia.
Jaringan untuk ekstraksi DNA diambil dari bagian periopod. Ekstraksi DNA
dilakukan dengan menggunakan kit ekstraksi DNA. Amplifikasi gen COI
dilakukan menggunakan dua primer yaitu bagian Upper Region (UR) dan Lower
Region (LR). Primer yang digunakan untuk PCR-RAPD adalah OPA 1, OPA 8,
OPA 9, OPA 11, OPA 12, dan OPA 18.
Berdasarkan hasil perbandingan sekuen gen COI bagian UR dan LR
menunjukkan bahwa UR memenuhi karakteristik sebagai DNA barcode. UR
memiliki laju mutasi yang lebih rendah dan jarak genetik yang lebih tinggi
daripada LR, serta memiliki data pembanding yang lebih banyak. Hasil PCRRAPD
masing-masing spesies lobster (P. penicillatus, P. homarus, dan P.
versicolor) menunjukkan nilai koefisien kesamaan yang beragam. Lobster yang
berasal dari lokasi yang berdekatan cenderung memiliki nilai koefisien kesamaan
yang tinggi. Hal ini berkaitan dengan pola persebaran larva lobster yang terbawa
mengikuti arus laut.
Kesimpulan dari penelitian ini adalah sekuen COI bagian UR merupakan
daerah yang paling cocok digunakan sebagai barcode. Lobster yang berada di
beberapa wilayah perairan Indonesia masih memiliki keterkaitan genetik. | id |
