| dc.description.abstract | Penyakit bercak cincin pepaya yang disebabkan oleh Papaya ringspot virus
(PRSV) merupakan salah satu penyakit yang paling merusak pada tanaman pepaya.
Penyakit ini tidak ditemukan di Indonesia untuk jangka waktu yang lama, sampai
dengan tahun 2012 dilaporkan penyakit ini mewabah di Nanggroe Aceh
Darussalam. Sejak itu, penyakit ini menyebar dengan cepat di daerah pertanaman
pepaya di Jawa, Sumatera dan Bali. Deteksi PRSV pada umumnya menggunakan
metode serologi atau polymerase chain reaction (PCR). Pengembangan metode
deteksi diperlukan untuk memfasilitasi cara deteksi dalam mencegah penyebaran
PRSV. Tujuan penelitian adalah mengonstruksi pelacak DNA PRSV untuk
pengembangan metode deteksi berdasarkan metode hibridisasi asam nukleat.
Konstruksi pelacak DNA diawali dengan mengarakterisasi gen helper
component protein (HCPro) PRSV, dilanjutkan dengan desain primer spesifik,
kloning DNA dan optimalisasi metode deteksi dengan hibridisasi asam nukleat
menggunakan pelacak non radioaktif DNA. Isolat PRSV dari Boyolali, Medan,
Sleman dan Tabanan digunakan sebagai sampel dalam merancang pelacak DNA
spesifik dan sampel uji dalam optimalisasi metode hibridisasi asam nukleat .
Berdasarkan analisis urutan gen HCPro diperoleh hasil bahwa keempat
isolat memiliki kekerabatan tinggi dengan homologi 97.88% sampai 99.05%.
Analisis filogeni gen HCPro menunjukkan bahwa isolat PRSV Indonesia memiliki
kekerabatan paling tinggi dengan isolat PRSV tipe P dari negara Vietnam dengan
homologi 94.72% sampai 95.42%. Perancangan primer spesifik PRSV gen HCPro
telah dilakukan dengan memilih primer yang mampu mengamplifikasi keempat
isolat pada daerah nukleotida yang sama. Gen HCPro berukuran 1371 pb, berlokasi
pada posisi nukleotida ke-1727 sampai 3098 genom PRSV. Primer yang dipilih
telah berhasil mengamplifikasi keempat isolat pada daerah gen HCPro dengan
lokasi basa nukleotida pada urutan ke-2854 sampai 2955 dan ke-2936 sampai 3075.
Kloning kedua fragmen spesifik gen HCPro telah berhasil dilakukan dengan
metode TA kloning menggunakan plasmid pTZ57R. Keefektifan transformasi
fragmen DNA target berukuran 102 pb dan 140 pb berkisar antara 67.99% sampai
94.43%, dengan tingkat keefektifan lebih tinggi untuk fragmen DNA berukuran 140
pb. Perunutan nukleotida klon DNA target telah dilakukan dan analisis homologi
menunjukkan tingkat homologi 85.52% sampai 94.51% dengan isolat PRSV dari
bebeberapa negara. Klon DNA target dengan ukuran 102 pb memiliki tingkat
homologi lebih tinggi jika dibandingkan dengan klon DNA berukuran 140 pb.
Pembuatan pelacak DNA dengan pelabelan klon DNA HCPro
menggunakan pelabel non radioaktif digoxigenin/DIG (Roche) telah berhasil
dilakukan. Teknik hibridisasi asam nukleat menggunakan stringency washes (1x
SSC, 0.1% SDS) pada suhu 60 oC selama 15 menit berhasil digunakan untuk
mendeteksi DNA PRSV. Pelacak DNA PRSV yang dikonstruksi dari daerah
HCPro memiliki spesifisitas tinggi dan sensitivitas pada kisaran faktor pengenceran
10-1
yaitu konsentrasi terendah sebesar 62 ng/μL. Metode deteksi menggunakan
iv
teknik hibridisasi asam nukleat dapat menjadi salah satu alternatif dalam deteksi
patogen yang dilakukan dalam tindakan karantina karena memiliki spesifisitas dan
sensitivitas yang baik serta kemudahan dalam pelaksanaannya. | id |
