| dc.description.abstract | Kelapa Sawit merupakan tanaman penghasil minyak nabati paling penting di dunia. Pada
tanaman tahunan seperti Kelapa Sawit, ketersediaan keragaman genetik, serta seleksi dengan
bantuan marka DNA (Marker-Assisted Selection) berbasis genom akan berperan penting dalam
pengembangan varietas berdaya hasil tinggi dengan karakter penting lain terkait dengan produksi
dan mutu hasil minyaknya. Penelitian ini terdiri dari lima bagian yang terkait dengan analisis
keragaman dan struktur genetik plasma nutfah kelapa sawit di Kamerun dengan pendekatan whole
genome sequencing dan analisis keragaan populasi persilangan tetua terpilih terkait dengan
karakter morfologi dan produksi.
Pada bagian pertama dipelajari keragaman genetik genom, struktur populasi dan
Admixture dari populasi plasma nutfah kelapa sawit Kamerun dengan menggunakan NextRAD
technology. Genotipe yang dianalisis sekuennya terdiri dari 169 aksesi liar, 25 progeni F1, 9 tetua
terpilih dan satu aksesi Elaeis oleifera sebagai outgrup. Data sekuens yang diperoleh menunjukkan
terdapat 21,302 basa yang polimorfik yang terdiri dari 20,959 substitusi basa tunggal atau Single
Nucleotide Polymorphisms (SNPs) dan 343 insertions/deletions (INDEL). Hal ini menunjukkan
besarnya tingkat keberagaman genetik dari genom aksesi yang di analisis. Jumlah kejadian transisi
mutasi titik (transition point mutation events) lebih banyak dibandingkan jumlah tranvesi dengan
nisbah transversi/transisi sebesar 9.65. Analisis lebih lanjut terhadap struktur populasi genetik
menunjukkan adanya tiga sub-populasi utama, dan sebagain besar individu yang digunakan pada
penelitian ini merupakan admixed.
Pada bagian kedua dilakukan kajian untuk mendeteksi beberapa bagian genom yang diduga
memiliki peran penting dalam mengendalikan karakter vegetatif, kandungan minyak dan
komponen hasil buah pada kelapa sawit berdasarkan genom sumberdaya genetik yang dianalisis.
Pada sebagian karakter vegetatif, frekuensi alel dan genotipe mengikuti hukum keseimbangan
Hardy-Weinberg (P<0.01), jadi sudah ada destruksi “genetic flow” di populasi tersebut. Pada
keseluruhan genom diketahui adanya sejumlah SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms)
berasosiasi dengan karakter vegetatif, kandungan minyak dan komponen hasil buah. Hal ini
menunjukkan adanya bagian genom mengandung gen-gen yang mengendalikan berberapa
karakter fenotipik penting yang berguna untuk seleksi pada pemuliaan kelapa sawit. Selanjutnya
adanya keterpautan antar SNP yang berasosiasi dengan karakter penting, menunjukkan segregasi
pautan-pautan yang tersebar antar kromosom pada genom kelapa sawit.
Pada bagian ketiga dilakukan analisis daya gabung dan aksi gene beberapa karakter
kuantitatif penting dengan menggunakan metode North Carolina II mating design. Sebanyak
empat famili betina Dura (DA2356D, DA787D, DA507D, and LM7899D), tiga famili jantan
Tenera (LM9175T, LM9287T, and LM9927T) dan progeni hasil persilangannya ditanam di
Specialized Centre for Oil Palm Research of Cameroon. Hasil percobaan menunjukkan bahwa
terdapat perbedaan yang nyata antara famili betina dan famili jantan pada sebagian besar karakter
yang diamati. Dua famili betina diidentifikasi sebagai tetua yang memiliki daya gabung umum
(DGU) yang baik uktuk karakter hasil dan komponen hasil, sehingga keduanya dapat digunakan
dalam perakitan varietas kelapa sawit karena memiliki potensi yang baik dalam aksi gen aditif.
Dua famili jantan menunjukkan daya gabung umum (DGU) yang baik untuk sebagian besar sifat
yang diamati. Beberapa persilangan menunjukkan daya gabung khusus (DGK) yang baik untuk
komponen hasil, komponen kualitas hasil dan pertambahan tinggi pohon. Nisbah σ²gca/σ²sca,
[σ²D/σ²A]1/2 yang beragam, dengan pendugaan heritabilitas arti sempit yang rendah menunjukkan
peran aksi gen non aditif yang lebih tinggi. Interaksi famili jantan Tenera menunjukkan kontribusi
yang besar dalam keragaan karakter yang diamati.
Pada bagian keempat dilakukan analisis komponen utama (AKU)/principal component
analysis (PCA) dan analisis gerombol untuk mengungkap pengelompokan dan pola keragaman
genetik, serta mempelajari korelasi sembilan karakter pada 25 progeni. Akumulasi tiga komponen
utama mampu menjelaskan sebanyak 90.55% dari keragaman genetic aksesi yang dievaluasi.
Analisis gerombol menghasilkan tiga kelompok, dimana Kelompok I terdiri dari progeny yang
memiliki produksi tinggi terkait dengan tandah buah segar, jumlah tandan/bunch number (BN),
hasil minyak/oil yield (ON), hasil kernel/kernel yield (KY), progeni pada Kelompok II dicirikan
dengan karakter laju pertambahan tinggi pohon yang rendah, sementara progeny pada Kelopmpok
III dicirikan dengan karakter rata-rata bobot spikelet/high mean values of bunch spikelet weight
(SpW), rata-rata bobot buah/average fruit weight (AFW), nisbah kernel ke tandan/kernel to bunch
(K/B), kernel ke buah/kernel to fruit (K/F)yang tinggi. Pola pengelompokan ini bermanfaat untuk
menentukan pemilihan tetua yang akan digunakan untuk perakitan varietas yang berdaya hasil
tinggi. Selanjutnya analysis korelasi juga telah dapat mengidentifikasi adanya korelasi antar
karakter yang penting, sehingga bermanfaat untuk menentukan metode seleksi.
Pada bagian kelima dipelajari keragaan, heritabilitas dan kemajuan genetic dari hasil
persilangan untuk karakter hasil minyak dan beberapa karakter yang penting secara ekonomi.
Sebanyak 23 progeni itrogesi dievaluasai dari tahun 2004 hingga 2014. Hasil percobaan
menunjukkan tingginya keragaman untuk semua karakter yang diamati pada popalasi yang
dievaluasi. Pendugaan koefisien keragaman penotifik dan genotifik yang moderat, berasosiasi
dengan heritabilitas yang tinggi, dan kemajuan genetik yang moderat terdapat pada karakter bobot
tanda segar/fresh fruit bunch (FFB), jumlah tandan/bunch number (BN), hasil minyak/oil yield
(ON), nisbah kernel ke tandan/kernel to bunch (K/B), kernel ke buah/kernel to fruit (K/F), hasil
kernel/kernel yield (KY) dan pertambahan tinggi/height increment (HI). Hasil persilangan
LM11087T x LM2749D dan LM12960T x LM7409D merupakan silangan yang menunjukkan
hasil produksi yang unggul dengan rata-rata produksi crude palm oil (CPO) 6.26 ton/ha/tahun dan
dapat digunakan langsung untuk pengembangan produksi benih serta pemuliaan lebih lanjut. | id |
