| dc.description.abstract | Program pemuliaan konvensional untuk Phalaenopsis memberikan
beberapa tantangan diantaranya masa waktu juvenil Phalaenopsis relatif panjang
(mencapai 2-3 tahun), sehingga sulit untuk menentukan warna bunga dari tanaman
muda. Berbagai teknologi baru berbasis genetik berpotensi digunakan untuk
memangkas waktu evaluasi dan deteksi warna anggrek Phalaenopsis, diataranya
menggunakan pendekatan marka molekuler, teknologi genomik hingga fungsional
genetik. Penelitian ini dilakukan untuk mengembangkan marka molekuler SNAP
bebasis sekuen gen spesifik yang berkaitan dengan warna bunga. Isolasi sekuen
gen asal 4 gen biosintesis warna bunga antosianin dan karotenoid berasal darigengen
PSY (Phytoene synthase), F3’5’-H (Flavonoid 3’5’-Hydroxilase), F3-H
(Flavonoid 3 Hydroxilase) dan F3’-H (Flavonoid 3’Hydroxilase/monooxigenase)
menggunakan pendekatan homologi dan pensejajaran dengan SRA (Sequence
Read Archieve). Tiap sekuen gen asal genotipe Phalaenopsis memiliki identitas
yang tinggi dengan sekuen sejenis yang telah dilaporkan sebelumnya. Analisis
sekuen ditujukan untuk melihat struktur gen pengkode enzim biosintesis warna
bunga Phalaenopsis menggunakan pendekatan homologi dan pendugaan anotasi
fungsi tapak aktif.
Fokus penelitian ini adalah mengisolasi bagian ekson yang menjadi
cetakan ekspresi protein dari suatu gen. Total 15 marka SNAP didesain
berdasarkan masing-masing fragmen 4 gen tersebut berdasarkan profil SNP
(Single Nucleotide Polymorphism) yaitu mutasi substitusi basa nukleotida.
Evaluasi awal marka SNAP dilakukan pada tingkat genotipe Phalaenopsis spesies
alam untuk melihat performa marka dalam mengakses keragaman. Semua marka
SNAP mampu bersifat spesifik ke lokus target dan menunjukkan nilai PIC yang
menunjukkan bahwa marka cukup informatif untuk mengakses keragaman
populasi. Namun marka SNAP pada tingkat takson tersebut masih belum mampu
untuk menunjukkan asosiasi antara profil marka dan juga karakter warna bunga
karena keragaman fenotipik spesies berada dalam rentang yang sangat tinggi. oleh
karena itu perlu dilakukan evaluasi lanjut pada populasi persilangan yang lebih
spesifik. Tetua populasi 1102 memiliki retang warna bunga yang berbeda (pinkmagenta
dan oranye). Anakan hasil persilangan dalam populasi 1102 terbagi
menjadi 2 grup berdasarkan karakter warna bunga namun secara genetik diduga
memiliki 3 kelas genotipe, sehingga salah satu karakter diduga bersifat dominan
(Aa dan AA). Studi keterpautan memanfaatkan konstitusi genetik dan rasio alel
dalam populasi berdasarkan genotiping marka SNAP dan didapatkan hasil
beberapa marka terpaut dengan karakter warna bunga pink-magenta yaitu F3‟5‟-H
1_1 dan F3‟5‟-H 2_1. Studi lebih lanut perlu dilakukan untuk mengakses pola
pautan yang spesifik antara marker dan berbagai karakter warna bunga
menggunakan marker yang telah diseleksi sebelumnya dari penelitian ini. | id |
