Show simple item record

dc.contributor.advisorSumaryada, Tony Ibnu
dc.contributor.advisorWahyudi, Setyanto Tri
dc.contributor.authorFitriani, Nurika
dc.date.accessioned2017-05-31T06:15:01Z
dc.date.available2017-05-31T06:15:01Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.urihttp://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/86294
dc.description.abstractMemahami bagaimana proses unfolding dan refolding protein masih menjadi tantangan utama dalam ilmu kehidupan. Salah satu protein yang dapat diamati yaitu protein 2PTL. Protein 2PTL membantu Peptostreptococcus magnus menghindari pertahanan inang melalui sifat pengikatan protein melalui interaksi rantai ringan kappa. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk protein 2PTL pada temperatur 500K selama 15 ns untuk simulasi unfolding dan temperatur 200K selama 30 ns untuk simulasi refolding. Dari penelitian ini diperoleh proses unfolding terjadi pada waktu 6.5 ns. Secara geometri, hasil analisis RMSD pada 500K meningkat hingga 7.059Å dan pada 200K mengalami penurunan sebesar 2.683Å. Tingkat kemiripan asam amino proses unfolding dengan struktur native sebesar 36.78%. Setelah dilakukan proses refolding pada 200K dilakukan juga pengecekan tingkat kemiripan asam amino dengan struktur native sebesar 62.264%.id
dc.language.isoidid
dc.publisherBogor Agricultral University (IPB)id
dc.subject.ddcPhysicsid
dc.titleSimulasi Refolding Protein 2PTL Menggunakan Not Just Another Molecular Dynamics Program (NAMD)id
dc.typeUndergraduate Thesisid
dc.subject.keywordNAMDid
dc.subject.keywordprotein 2PTLid
dc.subject.keywordrefoldingid
dc.subject.keywordsimulasi dinamika molekulid
dc.subject.keywordunfoldingid


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record